Đối với ý kiến của các bị hại về việc yêu cầu các bị cáo thuộc Tân Hoàng Minh trả lãi cho họ, Hội đồng xét xử nhận thấy, đây là vụ án hình sự, nên trách nhiệm bồi thường dân sự liên quan đến số tiền chiếm đoạt là không có căn cứ để tính lãi như các bị hại yêu cầu. Yêu cầu này chỉ được xem xét giải quyết sau khi bản án xác định trách nhiệm bồi thường của các bị cáo có hiệu lực pháp luật. Các thiệt hại khác không liên quan số tiền chiếm đoạt của các bị cáo cũng không có cơ sở xem xét.
Tại phiên tòa, bị cáo Đỗ Anh Dũng (Chủ tịch kiêm Tổng Giám đốc Công ty Tân Hoàng Minh) đã đồng ý trả lãi các trái phiếu mua trước thời điểm bị bắt giam. Hội đồng xét xử xác định đây là sự tự nguyện của bị cáo Dũng, không thuộc phạm vi xử lý của vụ án này.
Hội đồng xét xử phân tích, theo nguyên tắc bồi thường, các bị cáo phải liên đới bồi thường toàn bộ số tiền đã chiếm đoạt cho các bị hại. Tuy nhiên, trong vụ án này đã chứng minh được số tiền các bị hại đã nộp đầy đủ cho Tân Hoàng Minh. Thực tế việc sử dụng số tiền này là do Dũng quyết định, các bị cáo khác không được hưởng lợi gì, cũng không có vai trò gì trong việc quyết định sử dụng số tiền này. Do vậy, để đảm bảo sự công bằng cho các bị cáo, cần buộc bị cáo Đỗ Anh Dũng bồi thường toàn bộ thiệt hại hơn 8.600 tỷ đồng cho 6.630 bị hại. Quá trình điều tra, gia đình bị cáo Đỗ Anh Dũng đã khắc phục hơn 5.000 tỷ đồng. Cơ quan điều tra đã thu giữ được hơn 2.000 tỷ đồng. Như vậy, tổng cộng đã thu được hơn 8.600 tỷ đồng để khắc phục hậu quả trong vụ án. Hội đồng xét xử đã tuyên tiếp tục tạm giữ số tiền này để đảm bảo thi hành án.
Trong vụ án này, một số bị cáo khác đã tự nguyện nộp tiền khắc phục hậu quả, mặc dù không bị tuyên buộc chịu trách nhiệm bồi thường dân sự. Hội đồng xét xử ghi nhận và coi đây là tình tiết giảm nhẹ trách nhiệm hình sự cho các bị cáo này. Tòa quyết định tuyên tịch thu số tiền này để sung công quỹ Nhà nước.
Bản án nêu rõ, đối với những cá nhân tổ chức khác, từ khi cơ quan điều tra công khai kết luận điều tra đến khi xét xử, nếu không có tên trong danh sách bị hại nhưng cũng không khai báo xuất trình, sau này nếu có yêu cầu, sẽ được giải quyết trong vụ án khác.