Do ảnh hưởng của mưa lớn trên diện rộng ở phía thượng nguồn, mực nước trên sông Nậm Na tăng nhanh. Lưu lượng nước đổ về hồ thủy điện Nậm Na lớn hơn lưu lượng phát máy của 3 tổ máy làm mực nước hồ dâng cao.