Năm 2018, quần thể Hòn Yến được Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch công nhận là Di tích danh thắng cấp quốc gia.
Dự án “Tăng cường năng lực cộng đồng trong bảo tồn quần thể rạn san hô Hòn Yến, huyện Tuy An, tỉnh Phú Yên” (gọi tắt là dự án Hòn Yến Phú Yên) được Quỹ Môi trường toàn cầu - Chương trình các dự án nhỏ tại Việt Nam (Global Environment Fund - Small Grants Program, viết tắt là: GEF SGP) thuộc Chương trình phát triển của Liên hợp quốc (UNDP) tài trợ.
Thời gian gần đây, ngoài tác động của thiên tai mưa bão, sóng biển, nhiều người dân, du khách đã ngang nhiên giẫm đạp làm vỡ, chết nhiều loại san hô khiến hệ sinh thái san hô ở Hòn Yến đang bị hư hại, suy giảm nghiêm trọng.