Cơ quan khí tượng Hong Kong dự kiến sẽ phát cảnh báo bão cấp 8 vào khoảng 18h20 ngày 5/9 (giờ địa phương). Theo cơ quan này, nhiều khu vực đã xuất hiện gió mạnh, dự báo gió mạnh và mưa lớn sẽ kéo đến trong ngày 6/9.
Trong chiều 5/9, tốc độ gió cao nhất được ghi nhận tại đỉnh núi Ngong Ping, đảo Waglan và bãi biển Cheung Chau lần lượt là 69 km/h, 65 km/h và 58 km/h và sức gió mạnh nhất lần lượt vượt quá 92 km/h, 73 km/h và 72 km/h.
Bên cạnh đó, chuyến bay đã bị hủy trong ngày 5/9. Các hãng hàng không bị ảnh hưởng nhiều nhất là hãng giá rẻ HK Express, Greater Bay Airlines và Hong Kong Airlines. HK Express đã hủy thêm 16 chuyến bay dự kiến thực hiện trong ngày 6/9, ngoài 6 chuyến bay bị hủy vào ngày 5/9. Trước đó trong ngày, Greater Bay Airlines cho biết sẽ hủy 4 chuyến bay trong ngày 6/9 và điều chỉnh lịch 2 chuyến bay khác vào ngày 7/9. Những hành khách bị ảnh hưởng có thể đổi vé trong vòng 7 ngày kể từ ngày khởi hành ban đầu hoặc xin hoàn tiền trong vòng 14 ngày, với tất cả các khoản phí liên quan được miễn.
Hãng Cathay Pacific cũng đề nghị hành khách đến sân bay ít nhất 3 giờ trước giờ khởi hành để có đủ thời gian làm thủ tục lên máy bay và cho biết thêm không có chuyến bay nào bị hủy do siêu bão.
Hệ thống tàu điện ngầm sẽ giảm hoạt động khi cảnh báo bão Yagi nâng lên cấp 8 trong khi các dịch vụ xe buýt cũng sẽ tạm dừng trong 3 giờ sau khi cảnh báo được đưa ra. Các công ty điều hành tàu điện cũng cho biết nếu cảnh báo cấp bão số 9 được phát đi, các chuyến tàu chạy ngoài trời sẽ dừng lại ở các điểm đến cuối cùng hoặc các nhà ga được kết nối với các trung tâm mua sắm.
Trong khi đó, Macau (Trung Quốc) hiện đang duy trì cảnh báo cấp 3 với bão Yagi và đang cân nhắc nâng lên cấp 8 vào lúc 23h đêm 5/9.