Lý thuyết truyền thống cho rằng loài người hiện đại bắt nguồn từ châu Phi trước khi di cư đến các vùng khác trên thế giới. Tuy nhiên, dựa trên nghiên cứu về di truyền học biểu sinh và tiến hóa, ông Huang lại đưa ra một quan điểm hoàn toàn khác: Đông Á mới chính là nơi khởi nguồn của nhân loại.
Theo lý thuyết tiến hóa phân tử mới của ông, các quần thể ở Đông Á - với đặc điểm ít đa dạng di truyền nhất - nhiều khả năng là tổ tiên thực sự của loài người hiện đại. Ông viết trong nghiên cứu: "Nhiều phân tích khác nhau, bao gồm cả nghiên cứu DNA cổ đại, đều ủng hộ mạnh mẽ mô hình 'Đến từ Đông Á' như một lý giải chính xác hơn về nguồn gốc loài người hiện đại".
Giáo sư Huang đã tập trung nghiên cứu về giả thuyết này kể từ năm 2009, sau khi trở về Trung Quốc từ Mỹ, nơi ông có gần ba thập kỷ làm nghiên cứu và giảng dạy.
Ông Huang cung cấp nhiều bằng chứng độc lập để củng cố nghiên cứu của mình. Thứ nhất, các hóa thạch người cổ tìm thấy ở Đông Á như người Sơn Đỉnh Động ở Bắc Kinh từ hơn 30.000 năm trước đã thể hiện những đặc điểm rõ rệt của người hiện đại. Thứ hai, văn hóa công cụ đá ở Đông Á cho thấy sự phát triển liên tục. Thứ ba, phân tích DNA ti thể và nhiễm sắc thể Y cũng ủng hộ giả thuyết này.
Ông Huang cho rằng môi trường đa dạng và phức tạp của Đông Á trong 3 triệu năm qua là điều kiện lý tưởng cho sự tiến hóa của loài người. Khu vực này vừa đủ rộng để tạo ra sự cách ly cần thiết, vừa có đủ thách thức môi trường để thúc đẩy sự phát triển.
Giả thuyết "Đến từ châu Phi" vốn chiếm ưu thế trong giới khoa học hàng chục năm qua, chủ yếu dựa trên mức độ đa dạng di truyền cao của người châu Phi. Tuy nhiên, ông Huang lập luận rằng đây có thể là kết quả của các yếu tố khác như khả năng miễn dịch mạnh hơn hay khả năng chịu đựng đột biến có hại cao hơn, chứ không nhất thiết phản ánh nguồn gốc cổ xưa.