Làng vận động viên Paralympic được cải tạo từ làng vận động viên Olympic với tiêu chí tạo điều kiện thuận lợi tối đa cho các vận động viên khuyết tật trong quá trình di chuyển, tập luyện cũng như sinh hoạt. Số lượng giường ngủ tại làng vận động viên là 8.000, giảm 10.000 giường so với thời điểm diễn ra Olympic.
Để đảm bảo di chuyển thuận lợi cho các vận động viên, ban tổ chức đã thay đổi thiết kế để mở rộng hành lang giữa các khu phòng, giảm số lượng ghế ngồi tại phòng ăn chính từ 3.000 chỗ trong thời điểm diễn ra Olympic xuống còn 2.400 chỗ. Đặc biệt, một trung tâm cung cấp dịch vụ sửa chữa xe lăn, chân tay giả…cũng được đặt ngay trong làng vận động viên. Dự kiến làng vận động viên sẽ có khoảng 100 nhân viên tình nguyện hỗ trợ 26 ngôn ngữ đến từ các quốc gia trên thế giới. Ngoài ra, các nhân viên y tế cũng được bố trí để hỗ trợ cho những vận động viên không thể thực hiện thao tác lấy mẫu xét nghiệm COVID-19.
Paralympic Tokyo 2020 dự kiến diễn ra từ ngày 24/8 đến ngày 5/9, với sự tham gia của 4.400 vận động viên đến từ 160 nước và vùng lãnh thổ trên trên thế giới. Tuy nhiên, do tình hình dịch bệnh COVID-19 diễn biến phức tạp tại Nhật Bản, ngày 16/8, ban tổ chức và các bên liên quan đã quyết định không cho phép khán giả đến xem các trận thi đấu.