Huấn luyện viên trưởng Đội tuyển bơi lội quốc gia Indonesia Albert C. Susanto ngày 20/4 cho biết với 16 vận động viên bơi lội, nước này chỉ có thể tham gia 35 trong tổng số 40 nội dung của SEA Games 31. Ngay từ đầu, Ban tổ chức Hiệp hội Bơi lội Indonesia (PB PRSI) đã chuẩn bị 22 vận động viên, song bơi lội chỉ được Bộ Thanh niên và Thể thao giao chỉ tiêu 16 vận động viên. Việc giảm số vận động viên từ 22 xuống 16 sẽ khiến sức mạnh của đội tuyển bơi giảm đi đáng kể. Bên cạnh đó, các vận động viên trẻ cũng không tham gia để tích lũy kinh nghiệm.
Ông Sutanto lưu ý rằng Indonesia có tiềm năng giành được từ 6 - 7 huy chương vàng. Triển vọng lớn nhất nằm ở bốn nội dung gồm bơi ngửa nam 50m và 200m, cự ly 400m nam và nữ. Đối với nội dung 50m bơi ngửa nam, Indonesia vẫn có vận động viên I Gede Siman Sudartawa, người đã giành được huy chương vàng ở kỳ SEA Games trước tại Philippines năm 2019. Trong khi đó, vận động viên Farrel Armandio Tangkas sẽ tranh tài ở nội dung 200m bơi ngửa nam. Hai vận động viên Aflah Fadlan Prawira và Azzahra Permatahani sẽ tham dự nội dung 400m nam và nữ.