Theo Bộ Tài chính, kinh doanh thương mại điện tử (TMĐT) là một loại hình mới đang phát triển mạnh ở các nước trên thế giới nói chung và ở Việt Nam nói riêng. Hoạt động kinh doanh TMĐT có ưu điểm nổi bật hơn so với kinh doanh truyền thống là tính linh hoạt cao độ về mặt cung ứng và giảm thiểu phí tổn cho các đối tác kinh doanh.
Bên cạnh đó, TMĐT góp phần thúc đẩy sự cạnh tranh giữa các doanh nghiệp để thu được nhiều lợi ích nhất. Điều này đặc biệt quan trọng trong bối cảnh hội nhập kinh tế quốc tế, khi các doanh nghiệp trong nước phải cạnh tranh một cách bình đẳng với các doanh nghiệp nước ngoài.
Trong thời gian gần đây, Việt Nam đã phát triển mạnh loại hình kinh doanh này, việc mua bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ, quảng cáo... thông qua các phương tiện như phát sóng truyền hình, các website thương mại điện tử, sàn giao dịch thương mại điện tử, các mạng xã hội của nước ngoài. Mô hình kinh doanh này ngày một phát triển do sự thuận lợi từ những đặc điểm của loại hình kinh doanh qua mạng.
Tuy nhiên theo các chuyên gia Bộ Tài chính, cách thức quản lý thuế hiện chưa đáp ứng được yêu cầu quản lý một cách đầy đủ và chính xác đối với loại hình kinh doanh này. Chẳng hạn như, các công ty vận hành mạng nước ngoài hầu hết không đăng ký kinh doanh và không có văn phòng đại diện chính thức tại Việt Nam. . Đây là khó khăn cho ngành thuế trong việc quản lý thuế đối với các mạng nước ngoài kinh doanh theo hình thức thông qua mạng internet.
“Hiện Google và Facebook cung cấp dịch vụ quảng cáo trực tuyến cho thị trường Việt Nam thông qua hai phương thức: Phương thức thông qua các đại lý tại Việt Nam- chính các doanh nghiệp này sẽ phải thực hiện các nghĩa vụ thuế theo quy định của pháp luật Việt Nam khi phát sinh doanh thu. Phương thức thứ hai là mua – bán trực tuyến và thanh toán trực tuyến qua thẻ tài khoản tín dụng hoặc ví điện tử. Trường hợp chưa được quy định rõ, phía mua dịch vụ sẽ bị thiệt vì không có hóa đơn nên sẽ không được tính vào chi phí hợp lý, hoặc bên mua dịch vụ sẽ tự hợp thức hóa bằng cách mua hóa đơn của một dịch vụ khác”, đại diện Bộ Tài chính nói.
Như vậy, khi thanh kiểm tra thuế cũng khó biết hết được giá trị thực của chi phí trả cho dịch vụ qua mạng (nhiều trường hợp cần đối chiếu thông tin từ nhiều nguồn và phải truy lần theo thông tin thanh toán thực tế).
Với việc thanh toán dựa vào số lần click chuột trả tiền thì việc xác định doanh thu quảng cáo của nhà mạng nước ngoài không dễ dàng vì phải đối chiếu thông tin giữa 2 ngân hàng (của người mua/người bán) tham gia thanh toán trong điều kiện họ không phải là đối tượng nộp thuế trực tiếp và ngân hàng của công ty mạng cũng ở nước ngoài. Người mua dịch vụ của các tổ chức nước ngoài là cá nhân nên khó có cơ sở đề nghị khấu trừ thuế nhà thầu của tổ chức nước ngoài khi mua dịch vụ.