Có ý kiến cho rằng, phạm vi điều chỉnh chưa phù hợp với thực tiễn ứng dụng và phát triển giao dịch điện tử (GDĐT) hiện nay. Luật Giao dịch điện tử năm 2005 loại trừ không áp dụng giao dịch điện tử đối với một số hoạt động cụ thể trong các lĩnh vực tư pháp, đất đai, xây dựng, tài chính. Việc loại trừ này có thể gây cản trở ứng dụng công nghệ trong triển khai các dịch vụ công trực tuyến cũng như triển khai các giao dịch điện tử trong các lĩnh vực đang bị loại trừ.
Luật Giao dịch điện tử năm 2005 thiếu quy định cụ thể về giá trị pháp lý và đảm bảo độ tin cậy cho một số yếu tố quan trọng trong giao dịch điện tử như: Thông điệp dữ liệu, chữ ký điện tử, tài khoản giao dịch điện tử, hệ thống thông tin phục vụ giao dịch điện tử, dịch vụ tin cậy... Ngoài ra, Luật Giao dịch điện tử năm 2005 chưa có quy định làm rõ giá trị pháp lý của việc chuyển đổi từ bản giấy sang bản điện tử và ngược lại.
Các quy định về hợp đồng điện tử trong Luật Giao dịch điện tử năm 2005 còn thiếu quy định mang tính chất đặc thù trong hợp đồng điện tử như quy định về giá trị pháp lý của hợp đồng điện tử, giá trị pháp lý của hợp đồng giao kết qua hệ thống thông tin tự động.
Cũng có ý kiến cho rằng, các quy định về giao dịch điện tử trong cơ quan nhà nước của Luật Giao dịch điện tử năm 2005 đã có, tuy nhiên cần phải bổ sung các quy định cụ thể như các loại hình giao dịch điện tử của cơ quan nhà nước, các hoạt động của cơ quan nhà nước trên môi trường điện tử, các chính sách hỗ trợ giao dịch điện tử của cơ quan nhà nước… để bảo đảm các hoạt động của cơ quan nhà nước được ưu tiên thực hiện toàn trình trên môi trường điện tử bao gồm công tác: Quản trị nội bộ, chỉ đạo điều hành, cung cấp dịch vụ công, giám sát, kiểm tra, thanh tra.
Luật Giao dịch điện tử năm 2005 có một số quy định về an ninh, an toàn, bảo vệ thông điệp dữ liệu nhưng chưa đồng bộ với một số nội dung về an toàn thông tin mạng và an ninh mạng quy định tại Luật An toàn thông tin mạng năm 2015 và Luật An ninh mạng năm 2018 và chưa được cụ thể hóa để bảo đảm an toàn thông tin mạng, an ninh mạng trong giao dịch điện tử, do vậy, cần cụ thể hóa nội dung này trong dự thảo Luật.
Hệ thống thông tin phục vụ giao dịch điện tử, nền tảng số là phương tiện và môi trường để thực hiện các giao dịch điện tử nhưng chưa được quy định trong Luật Giao dịch điện tử năm 2005. Thực tế đã có một số văn bản dưới luật quy định liên quan đến nội dung này nhưng chưa được luật hóa như nền tảng mạng xã hội, nền tảng thương mại điện tử… Việc quản lý, phát triển hệ thống thông tin phục vụ giao dịch điện tử, nền tảng số là không thể thiếu, vì đây là thành phần quan trọng trong phát triển kinh tế số; là trung gian giao dịch giữa người dùng cuối và người dùng doanh nghiệp. Bên cạnh đó, cơ quan quản lý nhà nước cần có biện pháp để kiểm soát các nền tảng số có người dùng lớn và rất lớn nhằm hạn chế sự bất bình đẳng, sự phát triển lành mạnh, hiệu quả của thị trường và bảo đảm quyền lợi của người tiêu dùng.
Theo Bộ trưởng Bộ Thông tin và Truyền thông Nguyễn Mạnh Hùng, xuất phát từ những vướng mắc, bất cập trong thực tiễn quản lý nêu trên, đồng thời để đảm bảo tính đồng bộ, thống nhất của hệ thống pháp luật và thể chế hóa kịp thời các chủ trương, chính sách của Đảng bảm bảo thích ứng được với sự phát triển của cuộc Cách mạng công nghiệp lần thứ tư cần thiết phải xây dựng Luật Giao dịch điện tử sửa đổi, thay thế Luật Giao dịch điện tử năm 2005.
Đại biểu Đỗ Đức Duy, Bí thư Tỉnh uỷ, Trưởng đoàn đại biểu Quốc hội tỉnh Yên Bái đề nghị Ban soạn thảo nghiên cứu, bổ sung quy định tại điều 5 về chính sách phát triển giao dịch điện tử.
Cụ thể, theo đại biểu Đỗ Đức Duy, cơ quan soạn thảo cần bổ sung nội dung nhà nước có biện pháp để bảo đảm an ninh, an toàn cho doanh nghiệp, người dân trong thực hiện các giao dịch điện tử. Đặc biệt là các giao dịch điện tử có nguy cơ gây thiệt hại lớn cho người dân hoặc doanh nghiệp tham gia giao dịch như giao dịch qua ngân hàng, mua bán online xuyên biên giới…
“Đặc biệt là các dịch vụ do cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp phép thì rất cần vai trò của nhà nước trong việc bảo đảm an ninh, an toàn. Từ việc an ninh, an toàn về thông tin của người tiêu dùng, cho đến bảo đảm an ninh, an toàn liên quan đến tài sản, quyền lợi của người dân và doanh nghiệp tham gia giao dịch điện tử”, đại biểu Đỗ Đức Duy nói.
Phát biểu tại đoàn TP Hải Phòng, đại biểu Nguyễn Chu Hồi cho rằng, giao dịch điện tử phản ánh sự phát triển của xã hội số, chuyển đổi số và kinh tế số. Theo đại biểu Nguyễn Chu Hồi, giao dịch điện tử cũng có mặt khác nhau và nếu kiểm soát được mặt trái thì có nhiều cơ hội phát triển.
Do vậy, đại biểu đoàn TP Hải Phòng đề nghị Ban soạn thảo phải dành "dung lượng" nhiều hơn về vấn đề kiểm soát của nhà nước trong Luật Giao dịch điện tử.
“Tôi nghĩ rằng nếu chế tài không đủ mạnh, không cụ thể thì mình có sửa đổi bao nhiêu thì mình chỉ thêm điều, mở rộng phạm vi nhưng không đi vào chiều sâu”, đại biểu Nguyễn Chu Hồi nêu ý kiến.