Theo quy định, nguồn tài chính của Trường Đại học Việt Đức gồm: Kinh phí do ngân sách nhà nước cấp; các nguồn thu sự nghiệp; vốn tài trợ, quà biếu, tặng của các cá nhân, tổ chức trong và ngoài nước; nguồn tài chính khác.
Trong đó, Ngân sách nhà nước đảm bảo hỗ trợ cho Trường nguồn tài chính hàng năm bằng 55% dự toán kinh phí hoạt động thường xuyên (không tính phần hỗ trợ của phía Cộng hòa Liên bang Đức) đến hết thời gian có hiệu lực của Hiệp định ba bên về phát triển và mở rộng Trường Đại học Việt Đức.
Kinh phí chi thường xuyên thực hiện các nhiệm vụ Nhà nước giao, gồm: Kinh phí thực hiện các chương trình mục tiêu quốc gia; kinh phí vốn đối ứng thực hiện các dự án có nguồn vốn nước ngoài theo quyết định của cấp có thẩm quyền; kinh phí thực hiện nhiệm vụ được cơ quan có thẩm quyền giao; kinh phí được cơ quan nhà nước có thẩm quyền giao cho đơn vị sự nghiệp công lập để thực hiện nhiệm vụ cung cấp dịch vụ sự nghiệp công sử dụng ngân sách nhà nước trong trường hợp chưa có định mức kinh tế - kỹ thuật và đơn giá để đặt hàng.
Các nguồn thu sự nghiệp bao gồm: Học phí và lệ phí tuyển sinh, các dịch vụ giáo dục khác; nguồn thu từ hoạt động nghiên cứu khoa học, dịch vụ khoa học công nghệ, chuyển giao công nghệ; nguồn thu từ hoạt động cung cấp dịch vụ sự nghiệp giáo dục và đào tạo; nguồn thu từ cho thuê tài sản công…
Trường Đại học Việt Đức được tự chủ trong sử dụng nguồn tài chính
Về chi thường xuyên, Trường Đại học Việt Đức được quyết định các nội dung và mức chi (bao gồm cả chi trả học bổng khuyến khích học tập đối với người học, chi trả tiền lương, tiền công đối với cán bộ quản lý, giảng viên và nhân viên của Trường) trên cơ sở Quy chế chi tiêu nội bộ trong phạm vi nguồn tài chính của Trường đảm bảo đúng chế độ, công khai, minh bạch và hiệu quả.
Về chi nhiệm vụ không thường xuyên, Trường thực hiện chi theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước và pháp luật hiện hành đối với từng nguồn kinh phí.
Chi học bổng khuyến khích học tập; miễn, giảm học phí phần chênh lệch giữa mức hỗ trợ của Nhà nước theo quy định với mức học phí của Trường; chi hỗ trợ sinh viên có cha mẹ thuộc hộ nghèo, cận nghèo và gia đình sinh viên có khó khăn về kinh tế; thực hiện chính sách miễn, giảm, hỗ trợ chi phí học tập cho sinh viên và các hoạt động hỗ trợ khác cho sinh viên. Việc lập các Quỹ hỗ trợ sinh viên thực hiện theo quy định hiện hành.
Trường được giao quyền tự chủ, chịu trách nhiệm giải trình về quản lý, sử dụng nguồn thu hợp pháp ngoài ngân sách nhà nước để đầu tư cho các dự án đào tạo, nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ theo quy định của Luật Đầu tư công, các văn bản pháp lý có liên quan và phải được quy định cụ thể trong Quy chế chi tiêu nội bộ của đơn vị.