Theo đó, mục tiêu xây dựng Khu kinh tế - quốc phòng là nhằm củng cố quốc phòng, an ninh trên địa bàn chiến lược, biên giới, biển, đảo để hình thành thế trận quốc phòng toàn dân gắn với thế trận an ninh nhân dân, tạo vành đai vững chắc thực hiện nhiệm vụ bảo vệ Tổ quốc.
Bên cạnh đó, Nghị định nhằm tổ chức bố trí, sắp xếp dân cư tại khu vực biên giới, biển, đảo có vị trí trọng yếu về quốc phòng, an ninh trong thế trận khu vực phòng thủ, hình thành các cụm, bản, làng, xã; phát triển kinh tế - xã hội gắn với củng cố quốc phòng, an ninh trong Khu kinh tế - quốc phòng để từng bước cải thiện nâng cao đời sống vật chất, tinh thần của nhân dân.
Nhiệm vụ xây dựng Khu kinh tế - quốc phòng là để xây dựng địa bàn vững mạnh về quốc phòng, an ninh; ổn định phát triển kinh tế - xã hội; xây dựng thế trận phòng thủ trên các địa bàn chiến lược làm cơ sở vững chắc cho nhân dân, các lực lượng khác tham gia phát triển kinh tế - xã hội trên tuyến biên giới đất liền, biển, vùng biển và hải đảo.
Xây dựng Khu kinh tế - quốc phòng là nhằm phối hợp với cấp ủy, chính quyền địa phương xây dựng cơ sở hạ tầng thiết yếu để nhân dân ổn định sản xuất, đảm bảo an sinh xã hội; tổ chức, bố trí sắp xếp các điểm dân cư, định canh, định cư trên địa bàn biên giới, các đảo, quần đảo xa bờ bảo đảm mục tiêu giảm nghèo bền vững và ổn định quốc phòng, an ninh.
Việc xây dựng các mô hình khuyến nông, khuyến lâm, khuyến ngư, khuyến công và hỗ trợ phát triển sản xuất tạo yếu tố ban đầu cho phát triển kinh tế hàng hóa, dịch vụ; tổ chức dịch vụ cung ứng vật tư, tiêu thụ sản phẩm (dịch vụ hai đầu); chuyển giao công nghệ sản xuất cho nhân dân; tổ chức sản xuất khai thác hiệu quả đất đai đối với những địa bàn biên giới, hải đảo, vùng sâu vùng xa, vùng đặc biệt khó khăn có vai trò quan trọng về quốc phòng, an ninh. Xây dựng cơ sở kinh tế ở những vùng biển, đảo khó khăn làm cầu nối giữa đất liền và đảo, quần đảo; tổ chức các hoạt động dịch vụ trên biển hỗ trợ ngư dân bám biển sản xuất để tăng cường hoạt động dân sự trên các vùng biển, đảo khẳng định chủ quyền, quyền chủ quyền và tài phán trên biển.
Nhiệm vụ xây dựng Khu kinh tế - quốc phòng là nhằm tuyên truyền, vận động nhân dân nắm vững, thực hiện tốt đường lối, chủ trương của Đảng, chính sách và pháp luật của Nhà nước; đấu tranh phòng, chống các thủ đoạn tuyên truyền, xuyên tạc, kích động của các thế lực thù địch và các hoạt động truyền đạo trái pháp luật; đưa phát thanh, truyền hình, văn hóa, y tế về cơ sở; tạo điều kiện cho con em đồng bào thiểu số được đến trường; chăm sóc y tế cho nhân dân; bồi dưỡng, đào tạo đội ngũ cán bộ cho địa phương; phục hồi bảo tồn và phát triển văn hóa truyền thống của các dân tộc thiểu số trên địa bàn.
Việc xây dựng Kinh tế - quốc phòng còn để phối hợp với các lực lượng trên địa bàn xây dựng thế trận quốc phòng toàn dân gắn với thế trận an ninh nhân dân; tham gia tìm kiếm cứu hộ, cứu nạn, phòng, chống, khắc phục hậu quả thảm họa, sự cố, thiên tai, dịch bệnh, giữ gìn an ninh, chính trị, trật tự an toàn xã hội vùng biên giới, biển, đảo của Tổ quốc.