Trước diễn biến mưa, lũ trên các sông tại tỉnh Phú Yên đang lên cao, chiều 12/10/2022, ông Trần Hữu Thế, Chủ tịch UBND tỉnh Phú Yên ban hành lệnh số 76/LVH-PCTT yêu cầu 3 hồ thủy điện: Sông Ba Hạ, Krông HNăng và Sông Hinh thực hiện “Quy trình vận hành liên hồ chứa trên lưu vực sông Ba”. Mực nước hồ thủy điện Sông Hinh phải đưa về cao trình là: +204,5m để đón lũ. Thời gian thực hiện đưa về cao trình theo quy định là trước 17 giờ ngày 13/10/2022. Khi vận hành xả lũ, chủ hồ chứa phải tuân thủ theo quy định về trình tự đóng mở các cửa van; đảm bảo không gây lũ nhân tạo đột ngột, bất thường đe dọa trực tiếp đến tính mạng và tài sản nhân dân khu vực ven sông ở hạ du hồ chứa.
Qua theo dõi và trích xuất hình ảnh từ website của Bộ Công Thương (tính đến 17 giờ ngày 13/10/2022), mực nước hồ thủy điện Sông Hinh vẫn còn ở mức +204,92m, cao hơn mực nước yêu cầu 42cm. Sau cơn bão số 5, mặc dù chưa có lệnh của cấp có thẩm quyền nhưng chủ hồ thủy điện Sông Hinh đã tự ý đưa mực nước hồ lên +205,6m. Ngoài ra, trong mùa lũ, mực nước hồ cao nhất không cao hơn cao trình +207m. Tuy nhiên, từ 14h giờ ngày 10/10, mực nước hồ Sông Hinh là +207,01m và thời điểm 7 giờ ngày 12/10 là +207,42m, cao hơn mực nước cao nhất theo yêu cầu là 42cm.
Theo ông Lữ Ngọc Lâm - Phó Giám đốc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh Phú Yên, Sở nhận thấy trước, trong và sau cơn bão số 5 vừa qua, các hồ thủy điện trên địa bàn tỉnh đã thực hiện nghiêm Quyết định số 878/QĐ-TTg ngày 18/7/2018 của Thủ tướng Chính phủ về ban hành "Quy trình vận hành liên hồ chứa trên lưu vực sông Ba". Riêng hồ chứa thủy điện Sông Hinh đã thực hiện không nghiêm quy trình này và các lệnh vận hành của Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh Phú Yên. Với vai trò là cơ quan trường trực của Ban Chỉ huy Phòng, chống thiên tai và Tìm kiếm cứu nạn tỉnh Phú Yên, nhận thấy việc chấp hành quy định của thủy điện Sông Hinh qua cơn bão số 5 là thiếu nghiêm túc, vi phạm các quy định về vận hành hồ chứa trong mùa lũ, Sở đề nghị Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh xử phạt chủ hồ này theo Nghị định số 36/2020/NĐ-CP của Chính phủ quy định về xử phạt hành chính trong lĩnh vực tài nguyên nước và khoáng sản.