Ngay từ giữa tháng 1/2018, UBND tỉnh Khánh Hòa đã có Chỉ thị số 01//CT-UBND về tăng cường quản lý đất đai trên địa bàn huyện Vạn Ninh, nơi dự kiến sẽ đưa toàn bộ diện tích của địa phương này để hình thành đơn vị Hành chính - kinh tế Bắc Vân Phong, tỉnh Khánh Hòa nhằm ngăn chặn những phát sinh tiêu cực về đất đai tại đây. Tuy nhiên, tình trạng mua bán, chuyển nhượng đất đai trên địa bàn huyện gần đây đã tạo nên cơn sốt về giá cả và diễn biến phức tạp.
Theo báo cáo của UBND huyện Vạn Ninh, do thông tin địa phương chuẩn bị trở thành đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt Bắc Vân Phong nên các tổ chức, cá nhân trong, ngoài tỉnh đã tìm đến giao dịch, thực hiện mua bán, chuyển nhượng đất tràn lan, đẩy giá đất tăng lên đột biến. Chỉ trong quý I/2018, địa phương đã tiếp nhận và giải quyết 2.253 hồ sơ về đất đai, bằng 65,3% tổng số hồ sơ cả năm 2017; trong đó, việc giao dịch chuyển nhượng đất đai chủ yếu diễn ra tại các xã: Vạn Hưng, Vạn Khánh, Vạn Thắng, Vạn Thọ.
Bên cạnh đó, xuất hiện việc lấn, chiếm đất tại các khu vực nhạy cảm, nhất là địa bàn xã Vạn Thạnh. Theo báo cáo của Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh Khánh Hòa, tại xã này đã có trên 394 nghìn m2 đất công bị lấn, chiếm. Tất cả các cá nhân, tổ chức vi phạm về lấn, chiếm đất, xây dựng trái phép đã được tổ công tác liên ngành của huyện Vạn Ninh ngăn chặn, lập biên bản và chuyển giao cho cơ quan có thẩm quyền của huyện Vạn Ninh xử lý theo pháp luật.
Theo Đề án của UBND tỉnh Khánh Hòa về việc thành lập đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt Bắc Vân Phong, sẽ bao gồm toàn bộ diện tích tự nhiên và dân số của huyện Vạn Ninh; trong đó, có 56.000 ha mặt đất và 55.000 ha mặt nước; tổng dân số trên 128.000 người (tính đến năm 2011).