Công đoàn Kiểm toán Nhà nước là Công đoàn cấp trên cơ sở trực thuộc Công đoàn Viên chức Việt Nam, có 2.165 đoàn viên sinh hoạt tại 16 Công đoàn cơ sở và 16 Công đoàn bộ phận trực thuộc.
Nhiệm kỳ 2018-2023, hoạt động Công đoàn đã bám sát nhiệm vụ chính trị của ngành, điều kiện thực tế để triển khai chức năng, nhiệm vụ của tổ chức Công đoàn; đổi mới phương thức hoạt động, hướng về cơ sở, lấy đoàn viên là đối tượng tổ chức, triển khai hoạt động. Công đoàn Kiểm toán Nhà nước nói chung, Công đoàn cơ sở, Công đoàn bộ phận trực thuộc đã tập trung làm tốt chức năng đại diện, bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp, chính đáng của công chức, viên chức, người lao động, chủ động thực hiện vai trò đại diện trong việc tham gia Hội đồng thi đua khen thưởng, nâng lương, quy hoạch, bổ nhiệm, sắp xếp, luân chuyển…
Các tổ chức Công đoàn thường xuyên nắm bắt tâm tư, nguyện vọng của đoàn viên Công đoàn, chủ động phối hợp với Thủ trưởng cơ quan, đơn vị triển khai nhiều hoạt động chăm lo, hỗ trợ cho đoàn viên có hoàn cảnh khó khăn dịp lễ, Tết, nhất là trong đợt COVID-19 bùng phát trên phạm vi cả nước. Trong nhiệm kỳ, Công đoàn đã tổ chức thăm hỏi ốm đau, hiếu, hỉ đối với đoàn viên, thân nhân, cán bộ hưu trí toàn ngành số tiền hơn 2,2 tỷ đồng. Các hoạt động được Công đoàn Kiểm toán nhà nước tập trung nguồn lực thực hiện trên địa bàn cả nước: Xây dựng 108 căn nhà tình nghĩa; hỗ trợ người già, trẻ mồ côi không nơi nương tựa, gia đình chính sách có hoàn cảnh khó khăn trong dịp Tết Nguyên đán, Ngày vì người nghèo, hỗ trợ đồng bào dân tộc thiểu số…
Với phương châm “Đổi mới - Dân chủ - Đoàn kết - Trách nhiệm”, nhiệm kỳ 2023-2028, Đại hội xây dựng mục tiêu tiếp tục đổi mới tổ chức nội dung, phương thức hoạt; đẩy mạnh học tập và làm theo tư tưởng, đạo đức, phong cách Hồ Chí Minh gắn với thực hiện xây dựng người cán bộ, công chức "Trung thành, sáng tạo, tận tụy, gương mẫu"; làm tốt công tác chăm lo đời sống vật chất, tinh thần cho công chức, viên chức, người lao động, đại diện bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp của đoàn viên công đoàn…
Công đoàn Kiểm toán nhà nước xác định 10 nhiệm vụ, giải pháp chủ yếu, trong đó, chú trọng công tác giáo dục, tuyên truyền pháp luật, chủ trương, chính sách, Nghị quyết, Chỉ thị của Đảng, Nhà nước, của Ban cán sự Đảng, Đảng ủy Kiểm toán Nhà nước đối với công đoàn viên và người lao động; đồng thời, nâng cao hiệu quả việc phát động, tổ chức các phong trào thi đua theo hướng thiết thực, lan tỏa, rõ sản phẩm, rõ điển hình, gắn với thực hiện Nghị quyết Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ XIII của Đảng, Đại hội Đảng bộ Kiểm toán nhà nước nhiệm kỳ 2020-2025.
Chỉ đạo tại Đại hội, Tổng Kiểm toán Ngô Văn Tuấn đề nghị, Ban Chấp hành Công đoàn Kiểm toán Nhà nước nhiệm kỳ 2023 - 2028 tập trung thực hiện tốt 5 nhiệm vụ, trong đó, làm tốt công tác giáo dục, tuyên truyền pháp luật, chủ trương, chính sách, Nghị quyết, Chỉ thị của Đảng, chính sách pháp luật của Nhà nước, các Nghị quyết, Chỉ thị của Ban cán sự Đảng, Đảng ủy Kiểm toán Nhà nước cho công đoàn viên, người lao động.
Bên cạnh đó, Công tích cực chăm lo đời sống vật chất, tinh thần cho công chức, viên chức và người lao động, khẳng định vai trò đại diện bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp của đoàn viên công đoàn. Trong bối cảnh toàn ngành tăng cường kiểm tra, giám sát, đẩy mạnh luân chuyển cán bộ cũng như đặc thù hoạt động kiểm toán phải thường xuyên công tác dài ngày, Công đoàn Kiểm toán Nhà nước phải làm tốt hơn, hiệu quả, thiết thực hơn nữa công tác chăm sóc đời sống cho công đoàn viên, thân nhân, con em cán bộ.
Tại Đại hội, Phó Chủ tịch Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam Ngọ Duy Hiểu đề nghị, Ban Chấp hành Công đoàn Kiểm toán Nhà nước tích cực đổi mới, nâng cao hiệu quả công tác tuyên truyền, giáo dục, ý thức thực hiện chủ trương, đường lối của Đảng, chính sách pháp luật của Nhà nước; tiếp tục đại diện chăm lo đời sống vật chất, tinh thần cho người lao động gắn với đặc thù hoạt động của ngành.
Cùng với đó, Công đoàn đổi mới nội dung hoạt động, tích cực ứng dụng công nghệ thông tin trong hoạt động; phát động phong trào thi đua yêu nước và đôn đốc, kiểm tra việc thực hiện các phong trào thi đua theo từng cấp để các hoạt động thực chất, hiệu quả; phát hiện, bồi dưỡng gương điển hình, khen thưởng định kỳ, đột xuất tập thể, cá nhân có thành tích xuất sắc trong hoạt động chuyên môn; phối hợp tham gia xây dựng Công đoàn Việt Nam vững mạnh.
Đại hội đã lựa bầu 14 đại biểu ưu tú, có bản lĩnh chính trị vững vàng, có đầy đủ phẩm chất đạo đức, năng lực, lòng nhiệt tình, tinh thần trách nhiệm cao tham gia Ban Chấp hành nhiệm kỳ 2023 - 2028. Ông Trần Kim Lộc tái cử Chủ tịch Công đoàn Kiểm toán Nhà nước.
Đại hội bầu Đoàn đại biểu dự Đại hội Công đoàn Viên chức Việt Nam gồm 6 đại biểu chính thức, 2 đại biểu dự khuyết.