Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư là Chủ tịch Hội đồng thẩm định. Phó Chủ tịch Hội đồng là một Thứ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư. Các ủy viên của Hội đồng gồm đại diện lãnh đạo các bộ, ban, ngành liên quan.
Trách nhiệm, quyền hạn của Hội đồng, Chủ tịch Hội đồng, Phó Chủ tịch Hội đồng, các ủy viên của Hội đồng, cơ quan thường trực của Hội đồng và Tổ chuyên gia thẩm định liên ngành được thực hiện theo các quy định tại Nghị định số 131/2015/NĐ-CP ngày 25/12/2015 của Chính phủ hướng dẫn về dự án quan trọng quốc gia và các quy định khác có liên quan của pháp luật.
Hội đồng được thuê liên danh tư vấn trong nước và tư vấn nước ngoài bảo đảm tính độc lập, khách quan với tư vấn lập Dự án để thẩm tra Báo cáo nghiên cứu khả thi Dự án theo đúng quy định của pháp luật.
Việc thuê tư vấn thẩm tra và chi phí thẩm định, thẩm tra Dự án được thực hiện theo quy định tại Nghị định số 131/2015/NĐ-CP ngày 25/12/2015 của Chính phủ hướng dẫn về dự án quan trọng quốc gia và các quy định khác có liên quan của pháp luật.
Bộ Giao thông Vận tải phối hợp với Ủy ban quản lý vốn nhà nước tại doanh nghiệp chỉ đạo, hướng dẫn chủ đầu tư Dự án sớm hoàn thành công tác lập Báo cáo nghiên cứu khả thi Dự án và bố trí vốn chuẩn bị đầu tư phục vụ việc lập, thẩm định, thẩm tra Báo cáo nghiên cứu khả thi Dự án theo đúng quy định của pháp luật.