Để tiếp tục hoàn thiện hồ sơ dự án Luật trình Quốc hội xem xét, cho ý kiến tại Kỳ họp thứ 3 (tháng 5/2022), Ủy ban Thường vụ Quốc hội đề nghị các cơ quan tiếp tục rà soát để quán triệt và thể chế hóa tối đa chủ trương, đường lối của Đảng về công tác thanh tra, cụ thể hóa Hiến pháp năm 2013 phù hợp với chức năng, nhiệm vụ về thanh tra, kiểm soát quyền lực nhà nước, bảo vệ quyền con người, quyền công dân; khắc phục các hạn chế, bất cập đã chỉ ra trong quá trình tổng kết thi hành Luật.
Về phạm vi sửa đổi, Ủy ban Thường vụ Quốc hội cơ bản tán thành phạm vi điều chỉnh của dự án Luật quy định về tổ chức, hoạt động của thanh tra nhà nước; nghiên cứu, bám sát định hướng sửa đổi Luật đã được đề ra trong Đề án Định hướng Chương trình xây dựng pháp luật nhiệm kỳ Quốc hội khóa XV.
Về hệ thống cơ quan thanh tra theo cấp hành chính, Ủy ban Thường vụ Quốc hội cơ bản tán thành giữ mô hình hệ thống tổ chức cơ quan thanh tra 3 cấp như hiện hành gồm Thanh tra Chính phủ, Thanh tra tỉnh và Thanh tra huyện; tiếp tục nghiên cứu, làm rõ, lập luận đầy đủ, thuyết phục nội dung còn có ý kiến khác nhau về mô hình tổ chức Thanh tra huyện để báo cáo Quốc hội xem xét, cho ý kiến. Đồng thời, nghiên cứu, bổ sung trong Luật Thanh tra quy định về nhiệm vụ phòng, chống tiêu cực của cơ quan thanh tra để thực hiện trách nhiệm là cơ quan đầu mối trong thực hiện công tác phòng, chống tham nhũng, tiêu cực theo đúng Kết luận tại phiên họp thứ 21 của Ban Chỉ đạo Trung ương về phòng, chống tham nhũng, tiêu cực.
Đối với việc thành lập Thanh tra Tổng cục, Cục thuộc Bộ, Thanh tra sở và thanh tra chuyên ngành ở các cơ quan thuộc Chính phủ, cơ quan khác của Nhà nước, Ủy ban Thường vụ Quốc hội tán thành việc quy định trong Luật về việc thành lập Thanh tra Tổng cục, Cục thuộc Bộ, Thanh tra sở và thanh tra chuyên ngành ở một số cơ quan thuộc Chính phủ, cơ quan khác của Nhà nước. Việc thành lập các cơ quan thanh tra này phải bảo đảm nguyên tắc không "dàn đều", không phải tất cả các Tổng cục, Cục thuộc Bộ, Sở, cơ quan thuộc Chính phủ, cơ quan khác của Nhà nước đều thành lập cơ quan thanh tra chuyên ngành; nghiên cứu quy định cụ thể trong Luật về tiêu chí, nguyên tắc thành lập các cơ quan thanh tra này, đồng thời, phân định rõ thẩm quyền giữa các cơ quan thanh tra.
Về hình thức thanh tra, Ủy ban Thường vụ Quốc hội tán thành quy định 02 hình thức thanh tra, gồm thanh tra theo kế hoạch và thanh tra đột xuất; quy định một số nguyên tắc về hoạt động kiểm tra của cơ quan quản lý nhà nước, làm cơ sở để Chính phủ quy định chi tiết. Đồng thời, cần phân biệt rõ "hình thức thanh tra" và "hoạt động thanh tra" để có cách thể hiện trong Luật phù hợp, chính xác.
Đối với trình tự, thủ tục tiến hành hoạt động thanh tra hành chính và thanh tra chuyên ngành, quy định theo hướng có một số bước cơ bản áp dụng chung cho cả hai loại hình hoạt động thanh tra, đồng thời có quy định riêng về trình tự, thủ tục tiến hành hoạt động thanh tra hành chính, thanh tra chuyên ngành để vừa bảo đảm cho hoạt động thanh tra được thực hiện chính quy, bài bản, chuyên nghiệp vừa phù hợp với đặc thù của từng loại hình hoạt động thanh tra, phân biệt giữa thanh tra hành chính với thanh tra chuyên ngành, giữa thanh tra theo kế hoạch và thanh tra đột xuất.
Việc khắc phục sự chồng chéo, trùng lặp trong hoạt động thanh tra và giữa cơ quan thanh tra với cơ quan kiểm toán nhà nước, Ủy ban Thường vụ Quốc hội nhấn mạnh cần quy định rõ cơ chế phối hợp chặt chẽ, hiệu quả giữa các cơ quan quản lý nhà nước, cơ quan thanh tra, kiểm toán nhà nước trong việc xây dựng Định hướng, kế hoạch thanh tra, kế hoạch hoạt động của Kiểm toán nhà nước nhằm lược bỏ ngay từ đầu những nội dung, đối tượng thanh tra, kiểm toán có nguy cơ dẫn đến chồng chéo, trùng lặp, bảo đảm từng cơ quan thực hiện hiện đúng chức năng, nhiệm vụ được giao, hỗ trợ lẫn nhau và sử dụng kết quả của nhau trong những trường hợp cần thiết; chỉnh lý quy định về xử lý chồng chéo, trùng lặp giữa hoạt động thanh tra và hoạt động kiểm toán nhà nước để bảo đảm thống nhất với quy định của Luật Kiểm toán nhà nước.
Đối với việc thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn của Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước, người ra quyết định thanh tra, Trưởng đoàn thanh tra, cần phân định rõ trách nhiệm giữa Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước với trách nhiệm của người ra quyết định thanh tra, Trưởng đoàn thanh tra, bảo đảm từng chủ thể thực hiện đúng nhiệm vụ, quyền hạn của mình, tránh can thiệp làm ảnh hưởng đến tính khách quan, chính xác của kết luận thanh tra. Quy định cơ chế, quy trình thủ tục ban hành kết luận thanh tra bảo đảm chặt chẽ, đúng pháp luật, đúng thực tế thanh tra.
Ủy ban Thường vụ Quốc hội tán thành có cơ chế hỗ trợ kinh phí để nâng cao năng lực hoạt động thanh tra nhưng cần bảo đảm phù hợp với quy định của Luật Ngân sách Nhà nước và quy định khác của pháp luật có liên quan; nghiên cứu, bổ sung trong Luật quy định về việc xây dựng cơ sở dữ liệu phục vụ công tác thanh tra; ứng dụng công nghệ thông tin, công nghệ số trong hoạt động thanh tra; xây dựng chuẩn mực thanh tra để bảo đảm cho hoạt động thanh tra chất lượng, hiệu quả, khả thi, đúng pháp luật, công khai, minh bạch.
Về nguyên tắc áp dụng pháp luật cần làm rõ mối quan hệ giữa Luật Thanh tra với các luật khác, bảo đảm phù hợp với tính chất của Luật Thanh tra là đạo luật "gốc" về thanh tra theo hướng quy định những nội dung phải thực hiện theo Luật Thanh tra, những nội dung nào cụ thể các luật chuyên ngành có thể quy định khác Luật Thanh tra. Đồng thời, rà soát, bảo đảm tính thống nhất, đồng bộ với các luật có liên quan.
Ủy ban Thường vụ Quốc hội đề nghị Chính phủ chỉ đạo cơ quan soạn thảo và các cơ quan có liên quan khẩn trương tiếp thu đầy đủ ý kiến của Ủy ban Thường vụ Quốc hội và ý kiến thẩm tra, hoàn thiện hồ sơ dự án Luật theo đúng quy định. Trong đó, lưu ý Tờ trình dự án Luật cần bổ sung, luận giải đầy đủ, thuyết phục những vấn đề lớn được đề xuất sửa đổi, bổ sung, nhất là những nội dung chính sách có thay đổi lớn so với thời điểm đề xuất đưa dự án Luật vào Chương trình; Báo cáo tổng kết thi hành Luật cần đánh giá đầy đủ, toàn diện, khách quan các kết quả đạt được, vướng mắc, bất cập và nguyên nhân để đề xuất giải pháp khắc phục hiệu quả; Báo cáo đánh giá tác động cần bổ sung, đánh giá rõ hơn tác động của các chính sách có thay đổi so với thời điểm đề xuất đưa dự án Luật vào Chương trình, có số liệu chứng minh cụ thể, phân tích thuyết phục, làm rõ giải pháp được lựa chọn là tối ưu.
Hồ sơ dự án Luật sau khi tiếp thu, hoàn chỉnh phải được gửi đến các vị đại biểu Quốc hội và Ủy ban Pháp luật để thẩm tra theo đúng thời hạn quy định trước khi trình Quốc hội xem xét, cho ý kiến tại Kỳ họp thứ 3 (tháng 5/2022).