Trong khuôn khổ chuyến thăm, ngày 14/9, Phó Thủ tướng, Bộ trưởng Ngoại giao Phạm Bình Minh đã hội đàm với Bộ trưởng Ngoại giao Estonia Sven Mikser.
Phó Thủ tướng, Bộ trưởng Ngoại giao Phạm Bình Minh đánh giá cao chuyến thăm của Bộ trưởng Ngoại giao Sven Mikser, nhấn mạnh đây là chuyến thăm Việt Nam đầu tiên của Bộ trưởng Ngoại giao Estonia kể từ khi hai nước thiết lập quan hệ ngoại giao năm 1992, là cơ hội để hai bên trao đổi các phương hướng và biện pháp cụ thể nhằm thúc đẩy quan hệ song phương giữa Việt Nam và Estonia.
Hai bên hài lòng nhận thấy quan hệ giữa hai nước đã có những bước phát triển tích cực trong thời gian gần đây kể từ chuyến thăm Việt Nam của Thủ tướng Estonia Andrus Ansip năm 2011. Trong cuộc hội đàm, hai bên đã trao đổi cụ thể các biện pháp nhằm thúc đẩy quan hệ song phương; khẳng định cần tăng cường hơn nữa trao đổi đoàn các cấp, các bộ, ngành và địa phương, trong đó có đoàn cấp cao; duy trì tham vấn chính trị, phối hợp giữa hai Bộ Ngoại giao; tiếp tục hoàn thiện khung pháp lý nhằm thúc đẩy hợp tác trên tất cả các lĩnh vực, nhất là về kinh tế - thương mại - đầu tư.
Hai bên nhất trí cần tạo điều kiện thuận lợi để các mặt hàng xuất khẩu chủ lực của Việt Nam như nông thủy sản, hàng dệt may, đồ gỗ…vào thị trường Estonia và các nước Ban-tích cũng như các mặt hàng mà Estonia có thế mạnh như sản phẩm công nghệ thông tin, thực phẩm, đồ gỗ … có cơ hội vào thị trường Việt Nam và ASEAN. Phó Thủ tướng, Bộ trưởng Ngoại giao Phạm Bình Minh hoan nghênh việc hai nước đã ký Hiệp định tránh đánh thuế hai lần, đề nghị sớm đàm phán ký mới Hiệp định hợp tác kinh tế tạo khuôn khổ pháp lý thuận lợi cho hợp tác kinh tế - thương mại - đầu tư giữa hai nước.
Hai bên nhất trí cần tăng cường, mở rộng hợp tác trên những lĩnh vực còn nhiều tiềm năng và dư địa, đặc biệt là về giáo dục - đào tạo, nông nghiệp, văn hóa - du lịch, an ninh - quốc phòng…
Hai bên đánh giá cao sự hợp tác hiệu quả trên các diễn đàn, tổ chức quốc tế, nhất trí cần tiếp tục phối hợp chặt chẽ tại các thể chế đa phương, trong khuôn khổ Liên hợp quốc, trong Diễn đàn hợp tác Á - Âu (ASEM) và các diễn đàn đa phương khác mà hai nước là thành viên. Bộ trưởng Ngoại giao Sven Mikser khẳng định Estonia ủng hộ Việt Nam tăng cường quan hệ hợp tác toàn diện với Liên minh châu Âu, trong đó có việc sớm ký và phê chuẩn Hiệp định thương mại tự do Việt Nam - EU (EVFTA).
Hai bên cũng đã trao đổi các vấn đề quốc tế và khu vực cùng quan tâm, nhấn mạnh tầm quan trọng của hòa bình, ổn định, an ninh, an toàn và tự do hàng hải. Phía Estonia khẳng định ủng hộ quan điểm của ASEAN và Việt Nam trong giải quyết tranh chấp ở Biển Đông bằng biện pháp hòa bình, trên cơ sở tôn trọng luật pháp quốc tế, Công ước Liên hợp quốc về Luật Biển (UNCLOS) năm 1982.