Ban Chỉ đạo Chiến lược công nghiệp hóa của Việt Nam trong khuôn khổ hợp tác Việt Nam - Nhật Bản hướng đến năm 2020, tầm nhìn 2030, có chức năng giúp Thủ tướng Chính phủ trong nghiên cứu, chỉ đạo và phối hợp giải quyết những nhiệm vụ liên quan đến thực hiện Chiến lược công nghiệp hóa.
Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ giúp Thủ tướng Chính phủ đề ra các định hướng, giải pháp lớn để thực hiện Chiến lược công nghiệp hóa, đề xuất những nhiệm vụ trọng tâm, trọng điểm và những vấn đề quan trọng, liên ngành cần tập trung chỉ đạo, điều hành trong từng giai đoạn; báo cáo Thủ tướng Chính phủ về những khó khăn, vướng mắc trong quá trình thực hiện Chiến lược công nghiệp hóa và kiến nghị Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định các biện pháp xử lý thuộc thẩm quyền của Thủ tướng Chính phủ nhằm đảm bảo thực hiện thành công Chiến lược này.
Ban Chỉ đạo cũng giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, điều hòa, phối hợp với các bộ, ngành xây dựng và hướng dẫn thực hiện các cơ chế, chính sách phát triển các ngành công nghiệp ưu tiên trong Chiến lược công nghiệp hóa; tháo gỡ các vấn đề quan trọng, liên ngành để thúc đẩy thực hiện có hiệu quả Chiến lược công nghiệp hóa...
Trưởng ban Chỉ đạo chịu trách nhiệm trước Thủ tướng Chính phủ về nội dung, hiệu quả hoạt động của Ban Chỉ đạo; tổ chức, điều hành mọi hoạt động của Ban Chỉ đạo, phân công nhiệm vụ cho Phó Trưởng ban Chỉ đạo, các Ủy viên Ban Chỉ đạo; phê duyệt chương trình, kế hoạch hoạt động của Ban Chỉ đạo; triệu tập, chủ trì các phiên họp thường kỳ của Ban Chỉ đạo và quyết định họp đột xuất khi cần thiết.
Phó Trưởng ban Chỉ đạo thay mặt Trưởng ban Chỉ đạo điều hành một số hoạt động của Ban Chỉ đạo khi được Trưởng ban Chỉ đạo ủy quyền; giúp Trưởng ban Chỉ đạo điều phối, đôn đốc, theo dõi, kiểm tra tình hình và đánh giá kết quả theo định kỳ việc thực hiện các mục tiêu Chiến lược công nghiệp hóa, báo cáo Trưởng ban Chỉ đạo.
Các ủy viên Ban Chỉ đạo đôn đốc, tổ chức thực hiện Kế hoạch hành động phát triển các ngành ưu tiên trong Chiến lược công nghiệp hóa thuộc lĩnh vực phụ trách của bộ, ngành mình; giúp Trưởng ban Chỉ đạo kiểm tra, đánh giá việc thực hiện Chiến lược công nghiệp hóa thuộc lĩnh vực phụ trách của mình theo sự phân công của Trưởng ban Chỉ đạo.
Ban Chỉ đạo làm việc theo chế độ kiêm nhiệm, đề cao trách nhiệm cá nhân của người đứng đầu, theo cơ chế phối hợp thông qua các cuộc họp của Ban Chỉ đạo và trách nhiệm được giao của mỗi Ủy viên.