Trả lời:
Theo Điều 72 Nghị định 43/2014/NĐ- CP ngày 15/05/2014 hướng dẫn thi hành Luật Đất đai 2013, sau khi hoàn thành công trình, chủ đầu tư dự án phát triển nhà ở có trách nhiệm gửi Sở Tài nguyên và Môi trường các giấy tờ theo quy định để Sở Tài nguyên và Môi trường kiểm tra hiện trạng sử dụng đất, nhà ở và công trình đã xây dựng và điều kiện chuyển nhượng quyền sử dụng đất, bán nhà ở của chủ đầu tư dự án.
Trường hợp chủ đầu tư có vi phạm pháp luật về đất đai, pháp luật về xây dựng, pháp luật về nhà ở thì Sở Tài nguyên và Môi trường báo cáo Ủy ban nhân dân cấp tỉnh để xử lý theo quy định của pháp luật.
Bên cạnh đó, tại Chị thị số 11/CT-UBND ngày 17/5/2016 của Chủ tịch UBND Hà Nội quy định về các nhiệm vụ và giải pháp đẩy nhanh tiến độ cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản gắn liền với đất cho các tổ chức, hộ gia đình, cá nhân trên địa bàn thành phố Hà Nội quy định: “Đối với các dự án phát triển nhà ở, trường hợp chủ đầu tư vi phạm pháp luật đất đai, pháp luật xây dựng, vi phạm quy hoạch tại dự án dẫn đến vướng mắc trong việc cấp giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở cho các hộ dân: Sở Tài nguyên và Môi trường đề xuất UBND Thành phố thành lập Đoàn thanh tra liên ngành để thanh tra, kết luận, xử lý khắc phục vi phạm của chủ đầu tư; đồng thời với việc xét cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà cho người mua nhà đã hoàn thành nghĩa vụ với chủ đầu tư theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại Thông báo số 327/TB-VPCP ngày 22/8/2013 của Văn phòng Chính phủ”.
Cùng đó, Công văn số 6443/UBND-TKBT ngày 08/11/2016 của UBND thành phố Hà Nội về việc chỉ đạo cải cách thủ tục hành chính trong cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất trên địa bàn thành phố quy định: “Đối với các trường hợp chủ đầu tư vi phạm quy định về quản lý đất đai, trật tự xây dựng, quy hoạch, thì chỉ những trường hợp vi phạm liên quan đến nhiều lĩnh vực do các ngành, các cấp khác nhau quản lý thì Sở Tài nguyên và Môi trường mới tiến hành thanh tra hoặc đề xuất thanh tra; các trường hợp vi phạm không nghiêm trọng, liên quan đến lĩnh vực quản lý thì Sở Tài nguyên và Môi trường chủ động (hoặc phối hợp với ngành có liên quan) kiểm tra, xử lý theo quy định của pháp luật, để đẩy nhanh tiến độ xử lý, khắc phục tồn tại, giải quyết việc cấp Giấy chứng nhận cho người mua nhà”.
Như vậy, nếu căn hộ của bạn không nằm trong phần diện tích bị xây dựng không phép nên về nguyên tắc, bạn vẫn được cấp Giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở đối với căn hộ của bạn. Tuy nhiên, việc cấp giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở có thể bị chậm do các cơ quan chức năng phải xử lý các sai phạm của chủ đầu tư theo những quy định pháp luật nêu trên.