Do đầu tư xây dựng quá lâu, lại không được duy tu sửa chữa thường xuyên nên 72 công trình thủy lợi ở Tuyên Quang đang bị xuống cấp nghiêm trọng, không đảm bảo được nhiệm vụ tưới, tiêu.
Trong số các công trình bị xuống cấp, có một số công trình bị hư hỏng nặng. Cụ thể: Đập đầu mối và cống lấy nước ở xã Xuân Quang (huyện Chiêm Hóa) bị rò rỉ mạnh nên mái hạ lưu đập có nguy cơ sạt lở. Còn tại hồ chứa nước Cây Trám, thôn Xuân Đức, xã Hùng Đức (huyện Hàm Yên), một phần thân đập vỡ. Tại trạm bơm điện Gốc Mít, xã Trung Sơn (huyện Yên Sơn), bể đặt máy bơm bị nước xói móng nghiêm trọng làm bể đang bị nghiêng về phía lòng sông và có nguy cơ bị nước cuốn trôi khi có mưa lũ lớn...
Hiện công tác bảo vệ công trình thủy lợi ở một số nơi còn yếu, nhiều công trình bị xâm hại, lấn chiếm hành lang bảo vệ nhưng chưa được xử lý kịp thời. Nhiều địa phương không tổ chức, nạo vét kênh mương, duy tu công trình theo định kỳ; việc quản lý vận hành công trình gần như phó mặc cho thôn, bản...