Theo thông tin ban đầu, khoảng 16 giờ 20 phút, tại km 720+950 thuộc khu gian Cầu Hai - Truồi ở huyện Phú Lộc, tỉnh Thừa Thiên - Huế, đoàn tàu chở khách mang số hiệu SE2 chạy hướng Thành phố Hồ Chí Minh - Hà Nội, khi đến vị trí trên thì toa số 11 nằm ở cuối đoàn tàu (không có hành khách) xảy ra sự cố trật bánh ở trục 1 và 2 ra khỏi đường ray. Lái tàu SE2 ngay lập tức dừng khẩn cấp để kiểm tra. Vị trí này cách ga Cầu Hai khoảng 4 km.
Sau khi nhận được tin báo, Công ty cổ phần Đường sắt Bình Trị Thiên đã huy động phương tiện và nhân lực tại chỗ, phối hợp khắc phục sự cố này bằng cách kích toa để điều chỉnh lại bánh vào đường ray rồi di chuyển toa gặp sự cố về ga gần nhất để thông tuyến trở lại.
Trước đó, chiều 28/7, tàu SE11 trên hành trình từ Bắc - Nam khi đến ga Lăng Cô (huyện Phú Lộc, tỉnh Thừa Thiên - Huế) để tránh tàu SE4; khi có đường, tàu SE11 tiếp tục hành trình nhưng khi chạy đến ghi N10 đã bị trật bánh hai toa số 10 và 11.