Với phương pháp giám định trên, các chỉ định điều trị và chi phí khám chữa bệnh của người bệnh bảo hiểm y tế được cơ sở khám chữa bệnh chủ động gửi hoặc sử dụng phần mềm tự động mã hóa thông tin rồi chuyển lên cổng tiếp nhận của hệ thống.
Sau khi dữ liệu cập nhật, phần mềm giám định tự động kiểm tra các chi phí đề nghị thanh toán theo các quy tắc xây dựng dựa trên quy định pháp luật về khám chữa bệnh và thanh toán bảo hiểm y tế, cảnh báo các bất thường trong khám chữa bệnh bảo hiểm y tế, đánh giá sơ bộ được tính hợp lý của chỉ định điều trị.
Cũng theo Bảo hiểm xã hội thành phố Hà Nội, với phần mềm giám định điện tử, cơ quan này dễ dàng phát hiện các bất thường về tần suất khám chữa bệnh, chỉ định xét nghiệm, chẩn đoán hình ảnh từ các địa phương, các cơ sở khám chữa bệnh gia tăng chi phí đột biến, qua đó kịp thời xử lý các trường hợp lạm dụng, trục lợi.
Việc giám định thanh toán chi phí khám chữa bệnh bằng điện tử giúp ngăn ngừa sai nhầm, trong quá trình thanh toán. Thời gian qua, Bảo hiểm xã hội thành phố Hà Nội đã từ chối chi trả 61,9 tỷ đồng do cơ sở y tế áp giá, thống kê, tổng hợp sai quy định, chỉ định thuộc vật tư y tế, chỉ định thuốc, xét nghiệm, chẩn đoán hình ảnh chưa phù hợp với tình trạng bệnh tật.
Lợi ích từ giám định thanh toán điện tử là rất rõ rệt nhưng theo Bảo hiểm xã hội thành phố Hà Nội hiện vẫn còn 103 cơ sở y tế trên địa bàn chưa thực hiện được việc thanh quyết toán qua hệ thống giám định điện tử. Nguyên nhân là do các bệnh viện sử dụng nhiều phần mềm quản lý với các nền tảng kỹ thuật khác nhau nên đã gây khó khăn cho việc kết nối.
Ngoài ra, chất lượng dữ liệu do các cơ sở y tế gửi lên “Hệ thống giám định” còn rất nhiều sai sót, không được đồng bộ, chuẩn hóa theo quy định… Bên cạnh đó, giữa cơ quan bảo hiểm xã hội và các cơ sở y tế trên địa bàn còn gặp một số vướng mắc trong việc thống nhất các dịch vụ, quy trình kỹ thuật, vật tư y tế nên chưa áp dụng được “Hệ thống giám định” thanh quyết toán chi phí khám chữa bệnh bằng phương pháp điện tử.