Thời điểm trên, tàu SE4 chạy hướng Hà Nam - Hà Nội, khi đến Km15+800 khu ga Thường Tín - Văn Điển đã va chạm với xe máy của hai người phụ nữ. Đoạn đường xảy ra vụ việc trên được xác định là lối đi tự mở giao cắt với đường sắt không có gác chắn.
Người dân chứng kiến vụ việc cho hay, xe máy của hai nạn nhân bị văng xa, biến dạng. Các nạn nhân được xác định là L.T.K.T (sinh năm 1989) và N.T.S (sinh năm 1991), cùng trú tại huyện Thường Tín.
Sau khoảng 20 phút dừng lại giải quyết vụ việc, đoàn tàu tiếp tục khởi hành lúc 5 giờ 50 phút cùng ngày.