Thường trực Ban Chỉ huy phòng chống thiên tai và tìm kiếm cứu nạn thành phố căn cứ diễn biến của bão chủ động xác định thời điểm thông báo cấm biển và tạm dừng các hoạt động vận tải đường thủy nội địa, vui chơi giải trí tại các khu du lịch biển. Tạm dừng hoạt động giao thông trên cầu Tân Vũ - Lạch Huyện và các cầu có tĩnh không lớn qua sông trong thời gian bão đổ bộ.
Các địa phương chuẩn bị sẵn sàng phương án sơ tán, di dời dân cư tại các khu vực nguy hiểm, nhất là tại các khu vực ven biển, cửa sông, các khu vực chung cư cũ đã xuống cấp, vùng có nguy cơ ngập úng cao, khu vực có nguy cơ sạt lở. Tổ chức kiểm tra và thực hiện việc đảm bảo an toàn đê điều, an toàn phòng chống lụt bão tại công trình đang thi công, nhất là các công trình lớn, cầu tàu, bến cảng, các khu công nghiệp ven biển... Duy trì lực lượng, phương tiện cứu hộ, cứu nạn sẵn sàng thực hiện nhiệm vụ khi có yêu cầu.
Trong hai ngày 15 và 16/9, thành phố Hải Phòng đã thành lập các đoàn kiểm tra trực tiếp xuống các đơn vị, địa phương kiểm tra công tác phòng chống bão. Tại huyện An Lão, Chủ tịch UBND thành phố Hải Phòng Nguyễn Văn Tùng phê bình huyện An Lão không có văn bản giao kế hoạch cho các xã về chuẩn bị phương tiện, vật tư chống bão. Theo đó, khi kiểm tra đột xuất, các loại vật tư chống bão được chuẩn bị trong kho của các xã đều không đáp ứng yêu cầu. Còn tại xã Thuận Thiên, mặc dù UBND huyện Kiến Thụy đã có văn bản giao kế hoạch về chuẩn bị phương tiện, vật tư chống bão và xã cũng có văn bản báo cáo huyện, nhưng qua kiểm tra thực tế trong kho chỉ có 1 trong 6 chủng loại vật tư. Số lượng vật tư dự phòng cũng chỉ đạt gần 15%. Tại xã Hữu Bằng, mặc dù đoàn đến kiểm tra trong giờ hành chính nhưng người quản lý kho vắng mặt.
Đến kiểm tra tình hình sản xuất nông nghiệp và công tác phòng chống bão tại nhiều điểm của các huyện, Chủ tịch UBND thành phố Hải Phòng Nguyễn Văn Tùng đã yêu cầu ngành Nông nghiệp và các địa phương tập trung phòng chống siêu bão Mangkhut; phòng trừ sâu đục thân hai chấm và các đối tượng dịch hại cuối vụ; phòng chống dịch cúm gia cầm và dịch tả lợn Châu Phi lây nhiễm gây thiệt hại cho sản xuất.
Trong ngày 16/9, huyện Cát Hải - một trong những địa phương thường xuyên đón bão sớm của Hải Phòng cũng đã thành lập các đoàn kiểm tra đi kiểm tra công tác phòng chống bão Mangkhut tại các khu vực như: khu vực đảo Cát Bà, các vịnh thuộc quần đảo Cát Bà; các xã Việt Hải, Trân Châu, Xuân Đám, Phù Long, Hiền Hào, Gia Luận...
Đoàn kiểm tra yêu cầu Đồn Biên phòng Cát Bà thông báo, kêu gọi các phương tiện tàu, thuyền và ngư dân còn đang hoạt động trên biển về các vị trí tránh trú bão theo quy định. Nghiêm cấm không cho tàu, thuyền ra khơi hoạt động. Kiểm đếm, hướng dẫn, sắp xếp cho tàu, thuyền về các vị trí tránh trú bão. Các đơn vị liên quan tổ chức di chuyển, sắp xếp cơ sở bè nuôi trồng, dịch vụ thủy sản, bè kinh doanh ở vịnh Cát Bà và các khu vực xung yếu về nơi tránh trú bão an toàn. Việc đình chỉ hoạt động giao thông vận tải đường thủy nội địa đối với các tuyến vận tải hành khách, phà biển, thăm quan du lịch trên địa bàn sẽ được thực hiện theo diễn biến thực tế của bão và văn bản chỉ đạo của UBND thành phố Hải Phòng.