Cụ thể, tàu khách SE4 đi hướng TP Hồ Chí Minh - Hà Nội chạy đến Km 46+270 lộ trình đường sắt (thuộc địa phận tổ dân phố Hoàng Thượng, phường Hoàng Đông, thị xã Duy Tiên) đã va chạm với xe tải biển kiểm soát 37H- 018.67 chở gỗ. Vụ va chạm khiến đầu máy mang ký hiệu D19E-946 bị văng ra khỏi đoàn tàu, rơi xuống kênh A48, hai toa tàu sát đầu máy cũng bị lực tác động văng khỏi đoàn tàu, nằm xoay ngang trên đường sắt. Còn ô tô tải bị lật nghiêng và biến dạng phần thân bên phải.
Theo cơ quan chức năng, nguyên nhân là do xe tải bị mất lái, lật nghiêng vào đường tàu khiến gỗ văng ra đúng lúc đoàn tàu đi tới, nên đã xảy ra va chạm.
Ngay sau khi xảy ra tai nạn, lực lượng chức năng của tỉnh Hà Nam, thị xã Duy Tiên và ngành đường sắt đã có mặt để xử lý vụ việc, trước mắt là khẩn trương trục kéo đoàn tàu SE4 ra khỏi khu vực, tu sửa đường để sớm thông tuyến đường sắt Bắc - Nam.