Tuy nhiên, hoạt động của mạng lưới y tế cơ sở vẫn còn nhiều bất cập chưa được giải quyết, trong đó khó khăn lớn nhất là mô hình tổ chức, cơ chế chính sách; đặc biệt là cơ chế tài chính và nguồn nhân lực. Điều này ảnh hưởng không nhỏ đến chất lượng công tác phòng bệnh và khám, chữa bệnh.
Mạng lưới y tế cơ sở Thủ đô gồm 13 bệnh viện đa khoa tuyến huyện, 30 trung tâm y tế các quận, huyện, thị xã với 579 trạm y tế, 4 nhà hộ sinh, 53 phòng khám đa khoa khu vực. Thực tế cho thấy, số người đến khám, chữa bệnh ở phòng khám đa khoa, trạm y tế của thành phố đạt khoảng 2 triệu lượt/năm. Tuy nhiên, số người dân đến chăm sóc sức khỏe ban đầu và được tư vấn về sức khỏe thường chiếm tỷ lệ thấp và càng ngày càng sụt giảm.
Nguyên nhân là do chất lượng dịch vụ, cơ chế chính sách và mức đầu tư cho y tế cơ sở chưa đáp ứng yêu cầu; chưa thật sự tạo điều kiện cho y tế cơ sở phát huy tiềm năng và thế mạnh. Điều này dẫn tới việc người dân thiếu niềm tin vào hệ thống y tế cơ sở, vượt tuyến, chịu chi phí cao cho chăm sóc sức khỏe. Do đó, các bệnh viện tuyến trên tiếp tục quá tải và sự hài lòng của người bệnh khó được cải thiện. Bên cạnh đó, những quy định về phạm vi hoạt động chuyên môn của người hành nghề, danh mục kỹ thuật tại trạm y tế xã hay chính sách thông tuyến tỉnh bảo hiểm y tế và một số quy định khác đã làm giảm lượng người bệnh đến khám, chữa bệnh tại tuyến y tế xã, phường, bệnh viện tuyến huyện...
Để tiếp tục xây dựng và phát triển hệ thống y tế cơ sở, Thành ủy Hà Nội đã ban hành chương trình về việc phát triển hệ thống an sinh xã hội, nâng cao phúc lợi xã hội, chất lượng cuộc sống của nhân dân Thủ đô giai đoạn 2021 - 2025, trong đó có rất nhiều nội dung được quan tâm về phát triển y tế cơ sở. UBND thành phố đã có kế hoạch thực hiện Bộ tiêu chí Quốc gia về y tế xã giai đoạn đến năm 2030 trên địa bàn Hà Nội nhằm củng cố, hoàn thiện mạng lưới y tế cơ sở để đáp ứng ngày càng tốt hơn nhu cầu chăm sóc sức khỏe nhân dân.
Hà Nội là địa phương được Bộ Y tế, Bộ Công an chọn là địa bàn thực hiện thí điểm việc xây dựng hồ sơ điện tử quản lý sức khỏe cá nhân gắn với Đề án 06 của Chính phủ. Ngoài ra, Sở Y tế Hà Nội đã nghiên cứu, sáng tạo mô hình “Bệnh viện Chị - Em” giữa Bệnh viện Đa khoa Xanh Pôn, Bệnh viện Đa khoa huyện Ba Vì, Trung tâm Y tế huyện Ba Vì. Qua đó, Bệnh viện Đa khoa Xanh Pôn hỗ trợ toàn diện, trách nhiệm, hiệu quả, bền vững để nâng cao năng lực cho hệ thống y tế cơ sở. Đồng thời, Sở triển khai ứng dụng công nghệ thông tin trong khám, chữa bệnh như: khám bệnh từ xa, hội chẩn từ xa, đào tạo từ xa.
Ngày 25/10/2023, Ban Bí thư ban hành Chỉ thị số 25-CT/TW về tiếp tục củng cố, hoàn thiện, nâng cao chất lượng hoạt động của y tế cơ sở trong tình hình mới. Ngành Y tế Hà Nội đã chủ động có cách làm mới sáng tạo trong việc hoàn thiện y tế cơ sở. Cụ thể: Mô hình quản lý sức khỏe, khám, chữa bệnh đã xây dựng thành công tại Trung tâm Y tế Sóc Sơn, Trung tâm Y tế Ba Vì tạo được niềm tin của người dân, giảm gánh nặng cho y tế tuyến trên.
Tại Hội thảo “Y tế cơ sở - Từ chính sách đến hành động” do Sở Y tế Hà Nội tổ chức mới đây, các nhà quản lý, hoạch định chính sách, chuyên gia đã trao đổi, chia sẻ kinh nghiệm trong công tác xây dựng chính sách, chiến lược phát triển hệ thống y tế cơ sở trong tình hình mới cũng như các mô hình, giải pháp nhằm nâng cao năng lực, hiệu quả hoạt động y tế cơ sở trong thời gian tới. Thứ trưởng Bộ Y tế Đỗ Xuân Tuyên cho biết, thực hiện chỉ đạo của Chính phủ, Bộ Y tế về củng cố và phát triển y tế cơ sở, ngành y tế Hà Nội chủ động, sớm nắm bắt được chủ trương, đường lối, là địa phương đi đầu trong việc chăm sóc sức khỏe cho người dân trên địa bàn, có những bước đi, cách làm mới sáng tạo để hoàn thiện y tế cơ sở.
Bên cạnh sự chuẩn bị, sẵn sàng và nỗ lực của ngành Y tế Hà Nội cần có sự chung sức, đồng lòng của hệ thống chính trị của thành phố; sự hướng dẫn, giúp đỡ của Bộ Y tế và sự chia sẻ đồng hành của ngành Bảo hiểm Xã hội, tạo cơ sở, hành lang và chính sách thuận lợi cho các cơ sở y tế đảm bảo công tác khám, chữa bệnh và quyền lợi của người tham gia bảo hiểm y tế.