Trước đó, khoảng 23 giờ ngày 2/5, tại nhà nghỉ Phương Anh, địa chỉ thôn Tân Lập, thị trấn Vĩnh Tuy, huyện Bắc Quang (Hà Giang) đã xảy ra vụ án mạng, chủ nhà nghỉ là Đào Trọng Tuận (sinh năm 1969) bị bắn tử vong.
Ngay sau khi nhận được thông tin, các cơ quan chức năng của tỉnh Hà Giang và huyện Bắc Quang đã đến hiện trường khẩn trương điều tra. Tại hiện trường, cơ quan chức năng đã thu giữ 1 khẩu súng kíp tự chế của nạn nhân. Khám nghiệm tử thi xác định có 57 mảnh đạn găm vào vùng mặt, cổ, ngực.
Cơ quan Cảnh sát Điều tra - Công an tỉnh Hà Giang xác định các đối tượng nghi vấn gồm: Phạm Thành Phong (sinh năm 1989), Vũ Văn Quân (sinh năm 1988), cùng trú tại huyện Tứ Kỳ, tỉnh Hải Dương; Phùng Huy Hạnh (sinh năm 1982, lái xe taxi), Phùng Văn Hạnh (sinh năm 1989), Nguyễn Thanh Lâm (sinh năm 1995), cùng trú tại xã Đồng Thành, huyện Bắc Quang (Hà Giang).
Xác định đây là vụ án giết người có tính chất đặc biệt nghiêm trọng, nạn nhân cũng là đối tượng hình sự đang trong quản lý của Công an tỉnh Hà Giang. Ngày 3/5, Phòng Cảnh sát Hình sự - Công an tỉnh Hà Giang đã có báo cáo đề nghị Cục Cảnh sát Hình sự - Bộ Công an phối hợp, chỉ đạo công tác điều tra, truy bắt đối tượng gây án.
Nhận định nhóm đối tượng liều lĩnh, đang tàng trữ, sử dụng vũ khí nguy hiểm, để tránh việc vây bắt có thể dẫn đến thương vong cho người dân, lực lượng truy bắt và đối tượng, sau khi lên phương án, kế hoạch, Thiếu tướng Trần Ngọc Hà, Cục trưởng Cục Cảnh sát Hình sự đã chỉ đạo thống nhất thực hiện biện pháp vận động các đối tượng gây án ra đầu thú để hưởng lượng khoan hồng của pháp luật.
Áp dụng đồng bộ các biện pháp nghiệp vụ, đến chiều 3/5, cả 5 đối tượng gây án đã đến trụ sở Cục Cảnh sát Hình sự xin đầu thú.
Tại cơ quan Công an, các đối tượng khai nhận, khoảng 22 giờ ngày 2/5, Phạm Thành Long, Phùng Huy Hạnh, Phùng Văn Hạnh cùng nhau đi taxi do Huy Hạnh lái đến nhà nghỉ Phương Anh do Đào Trọng Tuận làm chủ.
Khi đến nơi, cả 3 vào trong nhà nghỉ gặp chị Thèn Thị Hương (vợ anh Tuận), Phong có hỏi tìm mua dâm. Quá trình trao đổi, mặc cả đã phát sinh mâu thuẫn xô xát giữa Phong và vợ chồng Tuận.
Sau đó, các đối tượng Phong, Văn Hạnh, Huy Hạnh rời khỏi nhà nghỉ Phương Anh đi đến khu vực dốc mồ côi thuộc thôn Khuổi Niếng, cách nhà nghỉ Phương Anh khoảng 5 km. Đối tượng Phong điện thoại cho Vũ Văn Quân kể lại việc vừa xô xát với Tuận.
Quân đã lấy một khẩu súng (loại súng hoa cải) từ nhà đi xe máy đến gặp Phong, đồng thời chở Phong đến thẳng nhà nghỉ Phương Anh. Huy Hạnh, Văn Hạnh và Nguyễn Thành Lâm đi taxi phía sau.
Đến nhà nghỉ Phương Anh, Phong có đập cửa nhà nghỉ thì Tuận ở trong nhà cầm súng (kiểu súng kíp) ra bắn về phía nhóm của Phong nhưng đạn không nổ. Quân cầm súng bắn thẳng về phía Tuận, khiến nạn nhân gục xuống.
Sau khi gây án, cả nhóm bỏ trốn, đi đến cầu Vĩnh Tuy, thị trấn Vĩnh Tuy (huyện Bắc Quang) thì Quân vứt súng xuống sông, rồi cả bọn cùng đi taxi do Huy Hạnh lái về Hà Nội.