Theo tài liệu của Cơ quan Cảnh sát điều tra, năm 2007, Nguyễn Hải Quân là Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn Thương mại và Du lịch Khánh Hòa ký 2 hợp đồng tín dụng với Chi nhánh Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Hồng Hà (trước đây là Chi nhánh Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Quảng An) vay 2,7 tỷ đồng để mua 4 chiếc ô tô kinh doanh vận tải.
Trong đó, 1 hợp đồng đến tháng 3/2010 hết hạn, 1 hợp đồng đến tháng 10/2012 hết hạn. Tháng 3/2010, sau khi hết hạn 1 hợp đồng tín dụng, do Công ty Trách nhiệm hữa hạn Thương mại và Du lịch Khánh Hòa liên tục vi phạm nghĩa vụ trả lãi trong quá trình vay vốn nên ngân hàng không gia hạn hợp đồng, đồng thời nhiều lần có văn bản yêu cầu công ty thanh toán khoản vay, nếu không phải bàn giao tài sản thế chấp cho ngân hàng. Nguyễn Hải Quân đã không trả nợ, cũng không bàn giao xe mà tháng 6/2010, Quân ký hợp đồng bán 2 chiếc xe ô tô là tài sản đang thế chấp cho 1 công ty du lịch với giá hơn 1,7 tỷ đồng.
Theo hợp đồng, bên mua xe sẽ thanh toán cho Quân hơn 1,1 tỷ đồng tiền mặt, còn lại sẽ thanh toán vào tài khoản của Công ty Trách nhiệm hữu hạn Thương mại và Du lịch Khánh Hòa tại Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn – chi nhánh Hồng Hà trong vòng 25 tháng để trả lãi ngân hàng.
Sau khi nhận của đối tác hơn 1 tỷ đồng và 27 triệu đồng chuyển vào tài khoản, Quân chỉ giao 2 ô tô mà chưa giao giấy tờ. Hai xe ô tô còn lại, Quân bán cho 2 khách ở Quảng Ninh và Thanh Xuân (Hà Nội). Năm 2011, Nguyễn Hải Quân đã bỏ trốn khỏi nơi cư trú. Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an thành phố Hà Nội đã khởi tố vụ án, khởi tố bị can, ra quyết định truy nã đối với Nguyễn Hải Quân về tội “Lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản”. Do Quân bỏ trốn nên tháng 4/2015, Cơ quan điều tra đã tạm đình chỉ điều tra vụ án, tạm đình chỉ điều tra bị can.
Sau khi bắt giữ được Nguyễn Hải Quân theo quyết định truy nã, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an thành phố Hà Nội đã ra quyết định phục hồi điều tra vụ án, phục hồi điều tra bị can đối với Nguyễn Hải Quân.