Đến nay, Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương thực hiện chức năng là tuyến cao nhất khám, chữa bệnh, phục hồi chức năng về các bệnh truyền nhiễm và nhiệt đới; đào tạo và tham gia đào tạo nhân lực y tế chuyên khoa; chỉ đạo tuyến; hợp tác quốc tế; phòng chống dịch bệnh và nghiên cứu khoa học, triển khai ứng dụng khoa học, công nghệ, kỹ thuật hiện đại phục vụ người bệnh chuyên khoa.
Năm 2020, trước diễn biến phức tạp của dịch bệnh viêm đường hô hấp cấp do chủng mới của vi rút Corona (COVID-19), dưới sự chỉ đạo kịp thời, quyết liệt của Chính phủ, Bộ Y tế, lãnh đạo Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương xác định tính chất, mức độ của dịch bệnh để đề ra và thực hiện các biện pháp phù hợp.
Bệnh viện đảm bảo cách ly kịp thời các ca nghi nhiễm/nhiễm SARS-CoV-2; Chẩn đoán sớm, điều trị kịp thời, phù hợp với từng người bệnh; chăm sóc toàn diện, hiệu quả; Hạn chế đến mức thấp nhất tỷ lệ tử vong do COVID-19 gây ra; Hạn chế tối đa việc lây nhiễm chéo trong Bệnh viện; Hỗ trợ tuyến dưới khi cần thiết.
Bệnh viện đã thành lập Ban chỉ đạo phòng, chống dịch bệnh; Đội cấp cứu ngoại viện; các tiểu ban chuyên môn, hậu cần… chủ động xây dựng các kịch bản đối phó phù hợp với diễn biến của dịch bệnh, nhằm chủ động trong công tác phòng, chống dịch, sẵn sàng đáp ứng ngay khi dịch bệnh có diễn biến phức tạp.