Theo Sở Xây dựng TP Hồ Chí Minh, tính đến tháng 6/2018, Chương trình 12.500 căn hộ mới xây dựng hoàn thành 8.550 căn; trong đó, 2.924 căn giữ lại phục vụ tái định cư, 3.790 căn bán đấu giá thu hồi vốn và 1.836 căn đang thương thảo với các chủ đầu tư để không mua lại quỹ nhà. Đến nay, UBND quận 2 đã sử dụng 1.847/2.924 căn phục vụ tái định cư dự án Khu đô thị mới Thủ Thiêm và các dự án chỉnh trang đô thị, công ích trên địa bàn quận 2.
Việc triển khai chương trình tồn tại hàng loạt vướng mắc như: thanh quyết toán hạ tầng kỹ thuật toàn khu ,4 ha phường Bình Khánh, quận 2 thuộc Chương trình 12.500 căn, chi phí bảo hành công trình trong thời gian cơ quan Nhà nước chưa tiếp nhận, bàn giao, việc phạt chậm tiến độ các dự án thuộc chương trình.
Ngoài ra, còn vướng mắc về thương thảo, thanh lý hợp đồng với chủ đầu tư, thực hiện kết luận của Thường trực Thành ủy TP Hồ Chí Minh về đẩy nhanh tiến độ giải quyết tái định cư cho các hộ đang tạm cư của dự án Khu đô thị mới Thủ Thiêm, phương án khai thác, quản lý sử dụng nguồn nhà thuộc Chương trình 12.500 căn...
Liên quan đến Chương trình 12.500 căn hộ tái định cư, UBND TP Hồ Chí Minh vừa đồng ý phương án xác định giá khởi điểm để bán đấu giá tài sản công không bao gồm thuế giá trị gia tăng (VAT) quyền sử dụng đất và công trình xây dựng trên đất tại các lô đất R1, R2, R3, R4, R5 trong khu ,4 ha phường Bình Khánh, quận 2 thuộc Chương trình 12.500 căn hộ tái định cư cho dự án Khu đô thị mới Thủ Thiêm.
UBND thành phố báo cáo, xin chủ trương của Ban Thường vụ Thành uỷ thành phố đồng ý giá bán, giá thuê không kinh doanh và giá bán, giá thuê bảo toàn vốn đối với 1.080 căn hộ chung cư thuộc Chương trình 12.500 căn.