Nguồn bổ sung vốn điều lệ tăng thêm là: Chênh lệch giữa vốn chủ sở hữu so với vốn điều lệ đến 31/12/2016 là 452,4 tỷ đồng; Quỹ đầu tư phát triển đến 31/12/2016 là 89,7 tỷ đồng và trích từ lợi nhuận sau thuế từ năm 2017 trở đi (khoảng 193 tỷ đồng); Quỹ hỗ trợ sắp xếp doanh nghiệp tại Công ty mẹ - Tổng công ty đến 31/12/2016 là 71,9 tỷ đồng; tăng vốn và tài sản gói EP thuộc Dự án nâng cao an toàn cầu đường sắt tuyến Hà Nội - Thành phố Hồ Chí Minh theo Quyết định số 1693/QĐ-BGTVT ngày 14/6/2017 của Bộ Giao thông vận tải là 155,58 tỷ đồng; chênh lệch giá ray chuyên dùng là 19,26 tỷ đồng.
Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Giao thông vận tải chủ trì, phối hợp với Bộ Tài chính và cơ quan liên quan hướng dẫn, giám sát Tổng công ty Đường sắt Việt Nam quản lý, sử dụng và bảo toàn vốn điều lệ được duyệt trên đây theo đúng quy định của pháp luật hiện hành.