Ông Y Thông sinh năm 1966, là người dân tộc Ê-đê, quê quán xã Ea Bá, huyện Sông Hinh, tỉnh Phú Yên.
Ông từng là đại biểu Quốc hội khóa XIII nhiệm kì 2011 - 2016 thuộc đoàn đại biểu Quốc hội tỉnh Phú Yên; Ủy viên thường trực Hội đồng Dân tộc của Quốc hội.
Trước khi được bổ nhiệm Phó Chủ nhiệm Ủy ban Dân tộc, ông là Ủy viên chuyên trách Ban Chỉ đạo Tây Nguyên.