Theo Bộ Nội vụ, sau gần hai năm thực hiện Nghị định số 123/2016/NĐ-CP, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của các bộ đã được rà soát, hoàn thiện, bảo đảm xác định rõ trách nhiệm của từng cấp: Những việc phải trình Chính phủ/Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định; những việc do Bộ trưởng tự quyết định và chịu trách nhiệm. Đồng thời, việc quy định tiêu chí chung để thành lập vụ, cục, tổng cục thuộc bộ đã tạo cơ sở pháp lý cho việc kiện toàn cơ cấu tổ chức bên trong của bộ được tinh gọn, hợp lý.
Nghị định số 123 đã quy định được những vấn đề chung của các bộ, cơ quan ngang bộ về vị trí, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức và tiêu chí thành lập các tổ chức trực thuộc, tránh việc phải quy định những vấn đề chung này trong Nghị định đối với từng bộ, cơ quan ngang bộ. Địa vị pháp lý của Bộ trưởng trong việc tổ chức thi hành và theo dõi thi hành pháp luật liên quan đến ngành, lĩnh vực trong phạm vi toàn quốc cũng được quy định trong Nghị định; đồng thời phân định nhiệm vụ, quyền hạn của Bộ trưởng với tư cách là thành viên Chính phủ và với tư cách là người đứng đầu bộ.
Về số lượng cấp phó, Nghị định đã quy định về số lượng Thứ trưởng, Phó Thủ trưởng cơ quan ngang bộ và số lượng cấp phó của người đứng đầu các tổ chức thuộc bộ phù hợp với quy định của Luật Tổ chức Chính phủ 2015.
Tuy nhiên, hạn chế của Nghị định này là chưa quy định tiêu chí thành lập các tổ chức, đơn vị thuộc và trực thuộc bộ trên cơ sở số lượng biên chế cần thiết thực hiện nhiệm vụ được giao làm cơ sở cho các bộ sắp xếp, kiện toàn tổ chức bên trong của bộ; chưa quy định tiêu chí để xác định số lượng cấp phó người đứng đầu cục, vụ, văn phòng, thanh tra, đơn vị sự nghiệp công lập làm cơ sở cho các bộ, ngành sắp xếp, cơ cấu đội ngũ lãnh đạo, quản lý.
Mặt khác, Nghị quyết số 18-NQ/TW của Hội nghị Trung ương 6 khóa XII một số vấn đề về tiếp tục đổi mới, sắp xếp tổ chức bộ máy của hệ thống chính trị tinh gọn, hoạt động hiệu lực, hiệu quả, đã chỉ đạo: “giảm số lượng lãnh đạo cấp phó tối đa của một tổ chức ở trung ương; rà soát, sắp xếp, giảm cơ bản số lượng tổng cục, cục, vụ, phòng; giảm tối đa các ban quản lý dự án, sắp xếp, tổ chức lại các đơn vị sự nghiệp công lập để thu gọn đầu mối, giảm biên chế”.
Trên cơ sở nhìn nhận những hạn chế này, Bộ Nội vụ đã chủ trì, phối hợp với các bộ, ngành xây dựng dự thảo Nghị định sửa đổi, bổ sung Nghị định số 123/2016/NĐ-CP. Theo đó, sẽ bổ sung tiêu chí quy định về số lượng biên chế công chức, số lượng người làm việc tối thiểu khi thành lập vụ, cục và tổ chức tương đương vụ, cục và đơn vị sự nghiệp công lập thuộc cơ cấu tổ chức của bộ, cơ quan ngang bộ. Cụ thể, vụ được thành lập khi cần tối thiểu 15 biên chế công chức; cục được thành lập khi cần tối thiểu 30 biên chế công chức; đơn vị sự nghiệp công lập được thành lập tối thiểu khi cần 20 người làm việc để thực hiện nhiệm vụ được giao.
Để thực hiện chủ trương của Đảng, Nghị định sửa đổi cũng bổ sung quy định theo hướng không tổ chức phòng trong vụ. Trong trường hợp đặc biệt, vụ có nhiều mảng công tác và khối lượng công việc lớn cần tối thiểu 30 biên chế công chức, bộ trình Chính phủ quyết định số lượng phòng trong vụ tại Nghị định quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của bộ.
Quy định về số lượng cấp phó người đứng đầu vụ, văn phòng, thanh tra, cục, đơn vị sự nghiệp thuộc bộ sửa đổi theo hướng đối với vụ có từ 15 - 20 biên chế công chức thì bố trí tối đa không quá 2 người; vụ có trên 20 biên chế công chức thì bố trí tối đa không quá 3 người. Đối với văn phòng bộ, thanh tra bộ, cục, đơn vị sự nghiệp công lập thuộc bộ, số lượng cấp phó theo số lượng phòng: 3 phòng trở xuống được bố trí 1 người; từ 4 - 6 phòng trở lên được bố trí không quá 2; có trên 6 phòng được bố trí không quá 3 cấp phó.
Về tiêu chí thành lập phòng và số lượng cấp phó, việc thành lập phòng trong tổ chức thuộc và trực thuộc bộ (thanh tra, văn phòng, cục, đơn vị sự nghiệp công lập thuộc bộ...) phải đáp ứng đủ tiêu chí: công việc hoặc lĩnh vực do phòng thực hiện phải có quy trình quản lý hoặc đối tượng quản lý theo ngành, lĩnh vực; cần tối thiểu 9 biên chế công chức để thực hiện nhiệm vụ được giao. Việc thành lập phòng thuộc cơ cấu tổ chức của cục, văn phòng, đơn vị sự nghiệp công lập thuộc tổng cục; phòng thuộc chi cục, đơn vị sự nghiệp công lập thuộc cục phải đáp ứng đủ các tiêu chí: công việc hoặc lĩnh vực do phòng thực hiện phải có quy trình quản lý hoặc đối tượng quản lý theo ngành, lĩnh vực; cần tối thiểu từ 7 biên chế công chức để thực hiện nhiệm vụ được giao. Đối với phòng trong đơn vị sự nghiệp công lập thuộc tổng cục, cục cần tối thiểu 7 người làm việc để thực hiện nhiệm vụ được giao.
Về số lượng phó trưởng phòng, đối với phòng trong tổ chức thuộc, trực thuộc bộ có từ 9 - 11 biên chế được bố trí tối đa 1 phó trưởng phòng; từ 12 biên chế trở lên bố trí tối đa 2 phó trưởng phòng. Đối với phòng thuộc cơ cấu tổ chức của cục, văn phòng, đơn vị sự nghiệp công lập thuộc tổng cục; phòng thuộc chi cục, đơn vị sự nghiệp công lập thuộc cục, tổng cục có từ 7 - 10 biên chế được bố trí tối đa 1 phó trưởng phòng; phòng có từ 11 biên chế trở lên bố trí tối đa 2 phó trưởng phòng.