Trước tình hình trên, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh đã chỉ đạo các phòng chuyên môn rà soát, đánh giá hiện trạng các công trình thủy lợi trên địa bàn trước, trong và sau mùa mưa lũ. Đối với các công trình bị xuống cấp, không đảm bảo an toàn, Sở chỉ đạo các đơn vị quản lý vận hành không được tích nước và có phương án ứng phó kịp thời khi có sự cố xảy ra; đồng thời, báo cáo với UBND tỉnh sử dụng nguồn vốn duy tu các công trình bị sự cố, xuống cấp theo thứ tự ưu tiên sửa chữa, nâng cấp những công trình hư hỏng, mức độ ảnh hưởng lớn.
Theo Ban Chỉ huy Phòng chống thiên tai và Tìm kiếm cứu nạn tỉnh Phú Thọ, qua rà soát, địa phương đã xác định được 13 vị trí trọng điểm, xung yếu, trong đó tại thành phố Việt Trì và các huyện Hạ Hòa, Cẩm Khê, Đoan Hùng mỗi huyện hai điểm; các huyện Lâm Thao, Tam Nông, Thanh Sơn, Thanh Thủy và thị xã Phú Thọ mỗi huyện một điểm.
Tại các vị trí xung yếu, Ban Chỉ huy tỉnh yêu cầu các địa phương khẩn trương hoàn thành công tác tu bổ, bảo dưỡng, sửa chữa công trình đê điều, thủy lợi; tiếp tục kiểm tra, rà soát, đánh giá hiện trạng các công trình, phát hiện các sự cố để có biện pháp xử lý kịp thời. Theo chức năng nhiệm vụ, các sở, ban, ngành lập phương án ứng phó, hiệp đồng nhân lực, phương tiện sẵn sàng hộ đê, phòng chống thiên tai. Ban Chỉ huy Phòng chống thiên tai và Tìm kiếm cứu nạn các huyện, thành phố, thị xã khẩn trương triển khai phương án hộ đê, phương án bảo vệ trọng điểm, phương án sơ tán dân, chuẩn bị nhân lực, 27 phương tiện, vật tư phòng, chống thiên tai và tìm kiếm cứu nạn, đặc biệt chú ý vận hành cống dưới đê kịp thời và tổ chức tuần tra canh gác đê trong mùa lũ, phát hiện và xử lý ngay từ giờ đầu các sự cố công trình đê điều. Các cấp, các ngành duy trì chế độ thường trực phòng chống thiên tai 24/24 giờ trong mùa lũ và khi có thiên tai bất thường xảy ra; kiểm tra, xử lý nghiêm các hành vi vi phạm pháp luật về đê điều; thông tin kịp thời chính xác diễn biến thời tiết khí tượng thuỷ văn và diễn biến công trình, chủ động phòng, chống, hạn chế thấp nhất thiệt hại do thiên tai gây ra.
Nhờ chú trọng đến công tác phòng, chống bão lụt, đến nay, Phú Thọ đã củng cố nâng cấp gần 431 km đê, gần 111 km kè, duy tu sửa chữa 142 cống với tổng kinh phí gần 7.500 tỷ đồng và hàng trăm tỷ đồng để thực hiện duy tu, tu bổ thường xuyên đê điều, gia cố mặt đê và hành lang đê, xây dựng, xử lý cấp bách kè.
Từ đầu mùa mưa lũ đến nay, trên địa bàn tỉnh đã xảy ra nhiều đợt mưa to đến rất to, gây thiệt hại nặng tại nhiều địa phương trên địa bàn. Đặc biệt, từ đêm 7/9 đến nay, Phú Thọ có mưa vừa và mưa to kéo dài, kèm theo gió giật mạnh, làm thiệt hại nhiều tài sản của người dân. Tại huyện Tân Sơn, mưa to, gió lốc đã làm nhiều điểm ngập úng cục bộ; hàng chục đập tràn bị ngập sâu; nhiều điểm sạt lở khiến hệ thống giao thông bị chia cắt. Tại huyện Thanh Sơn, mưa lớn cũng đã làm 42 hộ dân bị ảnh hưởng phải di dời; làm ngập 63 ha lúa, 20 ha ngô, hoa màu…