Bộ Giáo dục và Đào tạo (GD&ĐT) thành lập 10 đoàn kiểm tra tại 20 sở GD&ĐT (không trùng lặp với các đoàn của Ban chỉ đạo thi cấp quốc gia); có 5 đoàn của Ban chỉ đạo cấp quốc gia do lãnh đạo Bộ làm trưởng đoàn và các thành viên Ban chỉ đạo kiểm tra tại địa phương trong suốt quá trình chuẩn bị và tổ chức thi.
Năm 2021, Bộ thành lập 63 đoàn kiểm tra tại 63 Sở GD&ĐT. Trưởng đoàn và thành viên là lãnh đạo, cán bộ, giảng viên các cơ sở giáo dục đại học. Mỗi đoàn có ít nhất hai cơ sở giáo dục đại học tham gia. Mỗi điểm thi có một tổ kiểm tra, mỗi tổ từ hai người trở lên tùy theo số phòng thi tại điểm thi theo nguyên tắc như năm 2020. Mỗi sở GD&ĐT thành lập một đoàn kiểm tra. Mỗi đoàn có 3 hoặc 4 người, kiểm tra trực tiếp tại một Sở GD&ĐT trong suốt thời gian chấm thi.
Điểm mới của khâu thanh tra năm nay là có 2 thanh tra chính phủ tham gia vào kỳ thi tốt nghiệp THPT, gấp đôi so với năm ngoái. Trong đó, 1 người tham gia Ban chỉ đạo thi quốc gia và 1 người tham gia Ban thư ký. Bộ GD&ĐT sẽ tổ chức thanh tra đột xuất tất cả các địa phương, những vùng, những khâu có vấn đề.
Với diễn biến dịch COVID-19 còn phức tạp như năm nay, Bộ đã chuẩn bị đầy đủ các phương án. Những người được điều động cho công tác thanh tra, kiểm tra năm 2021 phải được kiểm tra và đạt yêu cầu, đảm bảo nắm vững nghiệp vụ công tác thanh tra thi tốt nghiệp THPT. Đặc biệt, huy động các trường khối ngành sức khỏe, các trường công an, quân đội vào vùng thi, điểm thi có dịch, nguy cơ cao, có thí sinh diện F1 hoặc F2.