Cùng lúc, Bộ Giáo dục và Đào tạo tiến hành rà soát, kiểm tra, xác minh và phối hợp xác minh làm rõ thông tin, minh chứng trên nguyên tắc kỹ lưỡng, cẩn trọng, tuân thủ đúng quy định pháp luật.
Hiện nay, dư luận đang căn cứ vào văn bản của Sở Giáo dục và Đào tạo Thành phố Hồ Chí Minh trả lời Ban Tôn giáo Chính phủ để cho rằng, ông Vương Tấn Việt không có bằng tốt nghiệp cấp ba bổ túc văn hóa, hoặc chưa tốt nghiệp cấp ba. Tuy nhiên, điểm trọng yếu cần làm rõ là thông tin văn bằng Sở Giáo dục và Đào tạo Thành phố Hồ Chí Minh đã xác minh có đúng là thông tin trên văn bằng của ông Vương Tấn Việt sở hữu hay không.
Bộ Giáo dục và Đào tạo đã nhận thông tin và văn bản trả lời của Sở Giáo dục và Đào tạo Thành phố Hồ Chí Minh, cũng như đã kiểm tra trên hồ sơ tại kho lưu trữ của Bộ từ cách đây hơn 1 tháng, với các thông tin ban đầu là ông Vương Tấn Việt không có tên trong danh sách dự thi và danh sách cấp bằng tốt nghiệp cấp ba bổ túc văn hóa năm 1989 của Sở Giáo dục và Đào tạo Thành phố Hồ Chí Minh.
Bộ Giáo dục và Đào tạo đã bước đầu xác minh được việc nghi vấn về giá trị của tấm bằng này là có căn cứ. Tuy nhiên, Bộ vẫn cần tiếp tục phối hợp với cơ quan chức năng và Cơ quan an ninh để điều tra, làm rõ hơn những thông tin quan trọng khác như: xác minh đó có đúng là văn bằng của ông Vương Tấn Việt với các thông tin như vậy hay không; nếu thông tin văn bằng nói trên không trùng với thông tin văn bằng do ông Vương Tấn Việt sở hữu thì cần tiếp tục làm rõ theo các kênh khác.
Đối với việc xác minh hồ sơ quá trình đào tạo tiến sĩ của ông Vương Tấn Việt, Bộ Giáo dục và Đào tạo đã tiến hành kiểm tra, xác minh hồ sơ quá trình đào tạo của ông Vương Tấn Việt tại Trường Đại học Luật Hà Nội. Hồ sơ quá trình đào tạo về cơ bản không trái với các quy định pháp luật áp dụng cho trường hợp người học Vương Tấn Việt. Trong hồ sơ thể hiện một số thiếu sót trong quá trình đào tạo nhưng đã được khắc phục trong quá trình đào tạo đó.
Về thẩm định chất lượng luận án tiến sĩ của ông Vương Tấn Việt, theo quy định hiện hành về đào tạo tiến sĩ, Bộ Giáo dục và Đào tạo đã gửi các chuyên gia phản biện đọc thẩm định chất lượng luận án. Trên cơ sở kết quả thẩm định, Bộ Giáo dục và Đào tạo sẽ tiến hành thành lập Hội đồng thẩm định luận án theo đúng quy định. Quy trình này cần thêm thời gian để tổ chức thực hiện.
Theo Bộ Giáo dục và Đào tạo, với vai trò là cơ quan quản lý nhà nước nên khi Bộ đưa ra các quyết định và xử lý phải cẩn trọng, tuân thủ đúng quy định của pháp luật. Bên cạnh đó, trong quá trình xác minh vụ việc, có những thông tin Bộ chưa được phép công bố khi chưa có đầy đủ căn cứ.