Theo Bộ GD&ĐT, Chương trình các môn học ở chương trình phổ thông mới sẽ có nhiều thay đổi so với chương trình hiện hành. Trong đó, hoạt động trải nghiệm là chương trình bắt buộc xuyên suốt tất cả các cấp học. Chương trình giáo dục phổ thông (GDPT) mới sẽ giảm tải so với chương trình hiện hành là giảm số môn học, giảm số giờ học, chọn lọc nội dung giáo dục thiết thực, đổi mới phương pháp giáo dục, tạo điều kiện để học sinh được lựa chọn môn học, chủ đề học tập và tăng cường các hoạt động thực hành.
Điểm khác của chương trình GDPT mới là phân biệt rõ hai giai đoạn: giai đoạn giáo dục cơ bản (từ lớp 1 - lớp 9) và giai đoạn giáo dục định hướng nghề nghiệp (từ lớp 10 - lớp 12).
Trong giai đoạn giáo dục cơ bản, chương trình thực hiện lồng ghép những nội dung liên quan với nhau của một số môn học trong chương trình hiện hành để tạo thành môn học tích hợp, thực hiện tinh giản, tránh chồng chéo nội dung giáo dục, giảm hợp lý số môn học; đồng thời thiết kế một số môn học (tin học và công nghệ, tin học, công nghệ, giáo dục thể chất, hoạt động trải nghiệm, hoạt động trải nghiệm, hướng nghiệp) theo các chủ đề, tạo điều kiện cho học sinh lựa chọn những chủ đề phù hợp với sở thích và năng lực của bản thân.
Trong giai đoạn giáo dục định hướng nghề nghiệp, bên cạnh một số môn học và hoạt động giáo dục bắt buộc, học sinh được lựa chọn những môn học và chuyên đề học tập phù hợp với sở thích, năng lực và định hướng nghề nghiệp của mình.
Chương trình GDPT mới cũng chú ý hơn đến tính kết nối giữa chương trình của các lớp học, cấp học trong từng môn học và giữa chương trình của các môn học trong từng lớp học, cấp học. Việc xây dựng chương trình tổng thể, lần đầu tiên được thực hiện tại Việt Nam, đặt cơ sở cho sự kết nối này.
Chương trình GDPT mới bảo đảm định hướng thống nhất và những nội dung giáo dục cốt lõi, bắt buộc đối với học sinh toàn quốc, đồng thời trao quyền chủ động và trách nhiệm cho địa phương và nhà trường trong việc lựa chọn, bổ sung một số nội dung giáo dục và triển khai kế hoạch giáo dục phù hợp với đối tượng giáo dục và điều kiện của địa phương, của cơ sở giáo dục, góp phần bảo đảm kết nối hoạt động của nhà trường với gia đình, chính quyền và xã hội.
Chương trình GDPT mới có những điểm khác biệt là chương trình được xây dựng theo mô hình phát triển năng lực, thông qua những kiến thức cơ bản, thiết thực, hiện đại và các phương pháp tích cực hóa hoạt động của người học, giúp học sinh hình thành và phát triển những phẩm chất và năng lực mà nhà trường và xã hội kỳ vọng.
Về cơ bản, chương trình mới tiếp tục kế thừa mục tiêu giáo dục mà chương trình hiện hành đã đặt ra là giáo dục con người toàn diện, giúp học sinh hài hòa về đức, trí, thể, mỹ.
Nội dung giáo dục của chương trình mới có cập nhật để phù hợp với những thành tựu mới của khoa học - công nghệ và định hướng mới của chương trình, kiến thức nền tảng của các môn học trong Chương trình GDPT mới chủ yếu là những kiến thức cốt lõi, tương đối ổn định trong các lĩnh vực tri thức của nhân loại, được kế thừa từ chương trình GDPT hiện hành, nhưng được tổ chức lại để giúp học sinh phát triển phẩm chất và năng lực một cách hiệu quả hơn.
Về hệ thống môn học, trong chương trình mới, chỉ có một số môn học và hoạt động giáo dục mới hoặc mang tên mới là: Tin học và công nghệ, Ngoại ngữ, hoạt động trải nghiệm ở cấp tiểu học; Lịch sử và Địa lý, Khoa học tự nhiên ở cấp THCS; Âm nhạc, Mỹ thuật, Giáo dục kinh tế và pháp luật ở cấp THPT; hoạt động trải nghiệm, hướng nghiệp ở các cấp THCS, THPT.
Ở cấp THCS, môn Khoa học tự nhiên được xây dựng trên cơ sở tích hợp kiến thức của các ngành vật lý, hóa học, sinh học và khoa học trái đất; môn Lịch sử và Địa lý được xây dựng trên cơ sở tích hợp kiến thức của các ngành lịch sử, địa lý.
Về thời lượng dạy học, tuy chương trình mới có thực hiện giảm tải so với chương trình hiện hành nhưng những tương quan về thời lượng dạy học giữa các môn học không có sự xáo trộn.
Về phương pháp giáo dục, phương pháp giáo dục mới phát huy tính tích cực của học sinh, khắc phục nhược điểm của phương pháp truyền thụ một chiều.
Hệ thống môn học của chương trình mới:
Cấp Tiểu học:
-Các môn học bắt buộc: Tiếng Việt, Toán, Ngoại ngữ 1, Giáo dục lối sống, Đạo đức, Tự nhiên và Xã hội, Lịch sử và Địa lý, Khoa học, Tin học và Công nghệ, Giáo dục thể chất, Nghệ thuật.
-Các môn học tự chọn: Tiếng dân tộc thiểu số và Ngoại ngữ 1 (đối với lớp 1 và 2).
-Môn học mới: Tin học và Công nghệ.
Cấp THCS:
-Các môn học bắt buộc: Ngữ văn, Toán, Ngoại ngữ 1, Giáo dục công dân, Khoa học tự nhiên, Lịch sử và Địa lý, Công nghệ, Giáo dục thể chất, Nghệ thuật, Tin học (trở thành bắt buộc, khác với trước đây là tự chọn)
-Các môn học tự chọn: Tiếng dân tộc thiểu số, ngoại ngữ 2.
Cấp THPT:
-Các môn học bắt buộc: Ngữ văn, Toán, ngoại ngữ 1, Giáo dục thể chất, Giáo dục quốc phòng và an ninh.
-Các môn học lựa chọn: theo nhóm Khoa học xã hội (gồm các môn: Giáo dục kinh tế và pháp luật, Lịch sử, Địa lý), nhóm Khoa học tự nhiên (gồm các môn: Vật lý, Hóa học, Sinh học), nhóm Công nghệ và nghệ thuật (gồm các môn: Công nghệ, Tin học, Nghệ thuật).
-Các môn học tự chọn: Tiếng dân tộc thiểu số, Ngoại ngữ 2.
*Ngoài 5 môn bắt buộc, học sinh THPT phải chọn tối thiểu 5 môn khác của nhóm môn được lựa chọn.