Trong quá trình làm thủ tục, Bộ Giáo dục và Đào tạo lưu ý một số vấn đề sau:
Những thí sinh đăng ký nguyện vọng xét tuyển theo điểm thi tốt nghiệp THPT mới phải thực hiện nghĩa vụ nộp lệ phí. Thí sinh có thể tự thanh toán bằng tài khoản ngân hàng, ví điện tử của bản thân hoặc nhờ người thân, thầy cô nộp hộ trên giao diện thanh toán của thí sinh.
Thí sinh chỉ nộp lệ phí trên hệ thống xét tuyển, không làm trên bất kỳ kênh nào khác nếu không có thông báo về trường hợp phát sinh từ Bộ Giáo dục và Đào tạo (GD&ĐT).
Trường hợp không nhìn thấy nút "Thanh toán" trên giao diện có nghĩa là thời điểm đó không thuộc thời gian nộp lệ phí hoặc đang được tạm ẩn nhằm chống nghẽn hệ thống. Quá trình thanh toán trực tuyến phụ thuộc việc kết nối nhiều hệ thống khác nhau nên thí sinh có thể gặp tình huống tắc nghẽn hệ thống. Khi đó, các em không nên cố gắng truy cập lại ngay, chờ khoảng 30 phút sau thực hiện lại.
Bộ GD&ĐT cũng khuyến nghị thí sinh truy cập bằng máy tính cá nhân, máy tính bảng hoặc điện thoại thông minh để thanh toán. Các em nên sử dụng thiết bị có màn hình đủ lớn (độ phân giải full HD 1920x1080) cùng trình duyệt Google Chrome hoặc FireFox phiên bản mới nhất để thao tác được thuận lợi nhất. Sau khi thanh toán thành công, thí sinh được xác nhận hoàn thành nghĩa vụ nộp lệ phí (biên lai thu lệ phí thí sinh có thể xem trên hệ thống xét tuyển sau khi hết thời gian nộp).
Trường hợp nhận được thông báo giao dịch thất bại, thí sinh có thể thực hiện lại trên kênh thanh toán đó hoặc chuyển sang kênh khác.
Dưới đây là một số tình huống phát sinh và giải pháp cho thí sinh trong quá trình nộp lệ phí xét tuyển đại học trực tuyến: