Theo Quyết định thành lập, trường Đại học (ĐH) Y Dược có tư cách pháp nhân, con dấu và tài khoản riêng; thực hiện tự chủ theo quy định của Chính phủ; chịu sử quản lý trực tiếp của ĐHQGHN, quản lý nhà nước về giáo dục đại học của Bộ Giáo dục và Đào tạo và quản lý về lãnh thổ của Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội.
Thủ tướng Chính phủ ký quyết định thành lập trường ĐH Y Dược là hiện thực hóa truyền thống đào tạo Y Dược của ĐH Đông Dương – đơn vị tiền thân của ĐH Quốc gia Hà Nội, và cũng là những bước hoàn thiện mô hình đại học đa ngành, đa lĩnh vực phù hợp với xu thế chung của các cơ sở giáo dục đại học tiên tiến trên thế giới.
Theo đề án thành lập, trường ĐH Y Dược phát triển theo định hướng nghiên cứu tiên tiến trong lĩnh vực y tế của khu vực, đào tạo và cung cấp nguồn nhân lực, những sản phẩm khoa học chăm sóc sức khỏe ở trình độ cao, chuyển giao công nghệ đáp ứng yêu cầu phát triển kinh tế - xã hội của đất nước và từng bước tiếp cận tiêu chuẩn quốc tế; góp phần nâng cao năng lực cạnh tranh của y dược học Việt Nam; chủ động hội nhập quốc tế trong lĩnh vực khoa học sức khỏe.
Trường ĐH Y Dược đã ký hợp đồng nguyên tắc đào tạo với 23 bệnh viện thực hành trên địa bàn Hà Nội, trong đó có 11 bệnh viện đã ký lại hợp đồng nguyên tắc đào tạo theo nghị định 111/2017/NĐ-CP ngày 5/10/2017 quy định về tổ chức đào tạo thực hành trong đào tạo khối ngành sức khỏe. Trong đó bệnh viện E là bệnh viện thực hành chính và bệnh viện ĐH Quốc gia Hà Nội là bệnh viện trực thuộc chịu sự quản lý trực tiếp của khoa Y Dược.
Theo kế hoạch, Trường ĐH Y Dược và Bệnh viện ĐH Quốc gia Hà Nội quy mô 1000 giường sẽ được xây dựng mới tại Hòa Lạc với tổng diện tích 25ha.
Lộ trình và quy mô đào tạo của trường ĐH Y Dược được xác định dựa trên nhu cầu của xã hội và các điều kiện đảm bảo chất lượng đào tạo (đội ngũ cán bộ, giảng viên, hệ thống cơ sở vật chất, trang thiết bị, học liệu, các điều kiện phục vụ đào tạo khác và đặc biệt là các bệnh viện thực hành, các công ty dược phẩm,…).
Dự kiến, đến năm 2030 trường ĐH Y Dược sẽ tổ chức đào tạo 16 ngành đào tạo đại học, 16 chuyên ngành thạc sĩ, 16 chuyên ngành tiến sĩ và 16 chuyên ngành nội trú với dự kiến quy mô đào tạo khoảng 4.300 sinh viên đại học chính quy; khoảng 400 học viên cao học và nghiên cứu sinh; khoảng 600 bác sĩ nội trú và chuyên khoa. Tỷ lệ học viên sau đại học/sinh viên đạt năm 2025 là 22,9% và năm 2030 là 28%.