Cụ thể, Thanh tra Sở Giáo dục và Đào tạo Thanh Hóa đã có quyết định số 100/QĐ-XPHC, xử phạt đối với hành vi vi phạm quy định về tổ chức dạy thêm, học thêm đối với Trường THPT chuyên Lam Sơn trong các năm học 2016 - 2017, 2017 - 2018 và trong Hè các năm 2017, 2018 khi chưa được cấp phép. Mức phạt là 12 triệu đồng.
Bên cạnh đó, trường này còn bị phạt tiền đối với hành vi vi phạm quy định về thu các khoản tiền trái quy định, gồm: thu tiền lập quỹ thi đua khen thưởng; dạy thêm học thêm, dạy bồi dưỡng môn chuyên và huy động trồng cây trái quy định với mức phạt 20 triệu đồng. Tổng mức phạt tiền đối với các hành vi vi phạm này là 32 triệu đồng.
Ngoài ra, Sở Giáo dục và Đào tạo Thanh Hóa còn có hình thức xử phạt bổ sung đối với Trường THPT chuyên Lam Sơn là chấm dứt dạy thêm, học thêm và thực hiện các khoản thu, chi ngoài ngân sách trái quy định (thu tiền, lập quỹ thi đua khen thưởng; thu tiền dạy thêm, học thêm; dạy bồi dưỡng chuyên môn). Theo đó, Trường THPT chuyên Lam Sơn sẽ phải truy nộp vào ngân sách nhà nước số tiền thu lập quỹ thi đua khen thưởng trái quy định 64,8 triệu đồng.
Thanh tra Sở Giáo dục và Đào tạo Thanh Hóa yêu cầu Trường THPT chuyên Lam Sơn nghiêm chỉnh chấp hành quyết định xử phạt. Trong vòng 10 ngày kể từ khi nhận được quyết định, nhà trường phải nộp phạt số tiền nói trên tại Kho bạc nhà nước tỉnh Thanh Hóa.
Như tin TTXVN đã đưa, thực hiện Công văn của Ban Nội chính Tỉnh ủy Thanh Hóa về việc giải quyết đơn phản ánh của một số giáo viên, phụ huynh Trường THPT chuyên Lam Sơn, Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Thanh Hóa đã tổ chức thanh kiểm tra công tác quản lý của nhà trường trong 3 năm (từ 2016-2019).
Theo đó, trong công tác tuyển dụng giáo viên, nhân viên từ năm 2017-2019, trường đã ký hợp đồng làm việc với ba giáo viên và cho hưởng lương theo ngạch bậc, hưởng phụ cấp ưu đãi từ ngân sách nhà nước không đúng quy định. Trong đó, có một giáo viên hợp đồng dạy môn thể dục - quốc phòng dù giáo viên của trường không thiếu, gây lãng phí ngân sách Nhà nước hơn 72 triệu đồng. Các môn Toán, Hóa, tiếng Anh nhà trường đã phân công một giáo viên dạy hai lớp chuyên (bằng nhiệm vụ của hai giáo viên), trong khi trường vẫn đủ giáo viên và đủ năng lực nên việc bố trí như vậy là không đúng quy định về chế độ làm việc và khung vị trí việc làm.
Đối với công tác dạy thêm, học thêm: trong các năm học 2016-2017 và 2017-2018, Trường THPT chuyên Lam Sơn không được cấp phép dạy thêm, học thêm nhưng đã tự ý tổ chức cho tất cả các lớp học thêm từ thứ Hai đến thứ Sáu trong tuần, thu tiền dạy thêm cao hơn mức quy định. Ngoài ra, từ năm học 2018-2019 trường đã tổ chức dạy hai ca/môn/buổi không đúng quy định.
Trong các năm học 2016-2017 và 2017-2018, trường tự ý phát hành vở viết gắn logo của trường không xin phép; thu tiền bảo vệ xe của học sinh với mức 15.000 đồng/tháng/học sinh đối với xe đạp và 20.000 đồng/tháng/học sinh đối với xe đạp điện để chi trả công cho năm bảo vệ là sai quy định. Lý do là số lượng bảo vệ quá nhiều trong khi nhà trường đã được đầu tư tiền xây dựng nhà để xe cho từng lớp.
Đáng chú ý, trường còn lập quỹ khuyến học và quỹ thi đua khen thưởng để thu tổng số tiền hơn một tỷ đồng trái phép. Hiệu trưởng đã trực tiếp ban hành các quyết định khen thưởng và lấy tiền từ các quỹ ra chi, nhưng nhiều khoản chi trùng lặp với các khoản đã chi tiền từ ngân sách. Cá biệt, trường đã lấy hơn 188 triệu đồng từ quỹ trên chi không đúng mục đích, như chi cho cán bộ, giáo viên nhân ngày Giỗ tổ Hùng Vương và dịp nghỉ lễ 30/4.
Ngoài những vi phạm trên, Trường THPT chuyên Lam Sơn còn cho thuê một số phòng trong nhà chức năng trái quy định; tự ý cho mở dịch vụ ăn sáng trong trường; thu tiền của phụ huynh để mua 16 cây sưa; sử dụng kinh phí chi thường xuyên để trả tiền công di chuyển cây trái quy định; tiếp nhận bốn hồ sơ dự tuyển của giáo viên không hợp lệ; phối hợp tổ chức dạy tiếng Anh nhưng không qua thẩm định của Sở Giáo dục và Đào tạo.
Đối với cá nhân ông Chu Anh Tuấn, Hiệu trưởng, đoàn thanh tra của Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Thanh Hóa chỉ ra nhiều sai phạm. Cụ thể, trong năm học 2016-2017 ông Tuấn không tham gia giảng dạy; trong năm học 2017-2018 chỉ dạy 7 tiết/37 tuần (thiếu 67 tiết); năm học 2018-2019 tính đến ngày 24/1/2019 mới dạy có 3 tiết/19 tuần (thiếu 35 tiết). Tuy nhiên, chính ông Chu Anh Tuấn đã quyết định và chi cho bản thân đầy đủ tiền phụ cấp ưu đãi.