Cụ thể, phương án tổ chức giao thông trên cầu Vĩnh Tuy 2 (cầu mới) như sau: Người và phương tiện tham gia giao thông đường bộ đi 1 chiều trên mặt cầu Vĩnh Tuy 2 theo hướng từ quận Hai Bà Trưng đi quận Long Biên được phân làn phương tiện theo hướng: 3 làn xe cơ giới – làn cạnh dải phân cách giữa chiều rộng 3,75 m/mỗi làn, tốc độ khai thác tối đa 60 km/h: 1 làn xe hỗn hợp dành cho xe máy và xe thô sơ là làn cạnh lan can phải cầu, chiều rộng 4,8 m, tốc độ khai thác tối đa 40 km/h.
Phân chia làn xe cơ giới với làn xe hỗn hợp bằng dải phân cách cứng và hệ thống biển báo hướng dẫn phân làn xe trên giá long môn. Người và phương tiện tham gia giao thông đường bộ đi 1 chiều trên cầu Vĩnh Tuy 2 hướng từ quận Hai Bà Trưng đi Cầu Vĩnh Tuy 2 qua 3 nhánh lên cầu. Đi từ đường đê Nguyễn Khoái theo hướng từ cầu Thanh Trì về cầu Vĩnh Tuy rẽ phải vào vào nhánh cầu CV1B với bề rộng làn xe B=6 m. Đi theo đường đê Nguyễn Khoái, hướng từ cầu Chương Dương về cầu Thanh Trì muốn đi quận Long Biên rẽ phải theo nhánh CV1A lên cầu Vĩnh Tuy 2 với bề rộng làn xe B=7 m. Đi từ đường Minh Khai và cầu cạn trên cao Vành đai 2 muốn đi quận Long Biên sẽ đi thẳng lên cầu Vĩnh Tuy 2.
Về phương án tổ chức giao thông tạm trên cầu Vĩnh Tuy 1 (cầu cũ), Sở Giao thông Vận tải phân luồng như sau: Người và phương tiện tham gia giao thông đường bộ đi 1 chiều trên cầu Vĩnh Tuy 1 theo hướng từ quận Long Biên đi quận Hai Bà Trưng và được phân làn phương tiện theo hướng: 4 làn xe cơ giới – làn cạnh dải phân cách giữa, chiều rộng làn là 3 m, tốc độ khai thác tối đa 40 km/h; 1 làn xe hỗn hợp cho xe máy và xe thô sơ – làn cạnh lan can phải cầu chiều rộng làn 2,7 m, tốc độ khai thác tối đa 30 km/h. Phân chia làn xe cơ giới với làn xe hỗn hợp bằng vạch sơn chia làn và hệ thống biển báo hướng dẫn phân làn xe, biển cảnh báo “Tuyến đường đang hoàn thiện hệ thống hạ tầng đảm bảo giao thông” trên giá long môn.
Hệ thống đường gom 2 bên cầu Vĩnh Tuy – đường Đàm Quang Trung (quận Long Biên) cũng tổ chức giao thông: Người và phương tiện tham gia giao thông đường bộ đi 1 chiều (cùng chiều với phương tiện lưu thông qua cầu Vĩnh Tuy) trên đường Đàm Quang Trung - đoạn từ Cổ Linh đến Bát Khối và ngược lại.
Sở Giao thông Vận tải Hà Nội giao Ban Quản lý dự án Đầu tư xây dựng công trình giao thông thành phố và đơn vị nhà thầu, kiểm tra, hoàn thiện hệ thống hạ tầng phục vụ hướng dẫn điều hành giao thông thuộc phạm vi thực hiện dự án. Lên phương án rào chắn và tổ chức thi công hạng mục hoàn thiện hệ thống hạ tầng giao thông trên cầu Vĩnh Tuy 1 trình Sở Giao thông Vận tải xem xét, cấp phép theo đúng quy định.
Bên cạnh đó, Sở Giao thông Vận tải cũng đề nghị Công an thành phố Hà Nội bố trí lực lượng Cảnh sát giao thông, Cảnh sát trật tự phối hợp với các đơn vị của Sở Giao thông Vận tải, UBND quận Hai Bà Trưng, quận Long Biên để tổ chức phân luồng, điều tiết giao thông tại các nút giao có nguy cơ ùn tắc giao thông; theo dõi lưu lượng phương tiện lưu thông để điều chỉnh chu kỳ đèn tín hiệu cho phù hợp tại các nút giao trên tuyến và khu vực lân cận; chỉ đạo các lực lượng chức năng của Công an thành phố tăng cường lực lượng xử lý các vi phạm về an toàn giao thông và trật tự đô thị trên cầu, 2 đầu cầu và các tuyến đường xung quanh khu vực tổ chức giao thông...