Cụ thể, Sở Giao thông Vận tải Hà Nội tổ chức hướng dẫn giao thông theo hình thức đảo xuyến trung tâm kết hợp đèn tín hiệu giao thông. Các phương tiện lưu thông qua khu vực trung tâm nút theo sự hướng dẫn của đèn tín hiệu giao thông, vạch sơn kẻ, biển báo và người hướng dẫn giao thông. Cùng đó cấm các phương tiện xe tải trên 10 tấn lưu thông qua phạm vi trung tâm nút và được hướng dẫn phân luồng theo hướng: Xe lưu thông theo hướng Phạm Hùng - Phạm Văn Đồng và ngược lại lưu thông qua cầu vượt Mai Dịch.
Xe lưu thông theo hướng quốc lộ 32 đi cầu Thăng Long và ngược lại, lưu thông theo các hướng: Cầu Diễn - Xuân Phương - Trịnh Văn Bô - Trần Hữu Dực - Lê Đức Thọ - Lê Quang Đạo - đại lộ Thăng Long - Nút giao Trung Hòa - Vành đai 3 trên cao - Cầu vượt Mai Dịch - Vành đai 3 trên cao - cầu Thăng Long; Hồ Tùng Mậu - Lê Đức Thọ - Lê Quang Đạo - đại lộ Thăng Long - nút giao Trung Hòa - vành đai 3 trên cao - cầu vượt Mai Dịch - Vành đai 3 trên cao - cầu Thăng Long. Xe lưu thông theo hướng Quốc lộ 32 đi cầu Thanh Trì và ngược lại, lưu thông theo các hướng Hồ Tùng Mậu - Xuân Phương - Trịnh Văn Bô - Trần Hữu Dực - Lê Đức Thọ - Lê Quang Đạo - đại lộ Thăng Long - nút giao Trung Hòa - Vành đai 3 trên cao - cầu Thanh Trì; Hồ Tùng Mậu - Lê Đức Thọ - Lê Quang Đạo - đại lộ Thăng Long - nút giao Trung Hòa - Vành đai 3 trên cao - cầu Thanh Trì.
Sở Giao thông Vận tải cấm các phương tiện xe khách tuyến cố định lưu thông qua phạm vi rào chắn hai bên đường Phạm Hùng và được hướng dẫn phân luồng cụ thể như sau: Chiều từ Bến xe Mỹ Đình đi đường Quốc lộ 32 (các tuyến từ bến xe Mỹ Đình đi Phú Thọ, Lai Châu…) lưu thông theo tuyến Bến xe Mỹ Đình – Phạm Hùng – Mễ Trì - Lê Đức Thọ - Hồ Tùng Mậu. Chiều từ các tỉnh đi Quốc lộ 32 về Bến xe Mỹ Đình (các tuyến Phú Thọ, Lai Châu…) lưu thông theo tuyến Hồ Tùng Mậu - Lê Đức Thọ - Nguyễn Hoàng - Bến xe Mỹ Đình).
Cấm các phương tiện xe ô tô tải dưới 10 tấn, xe hợp đồng lưu thông qua phạm vi rào chắn hai bên đường Phạm Hùng và được hướng dẫn phân luồng cụ thể như sau:
Đối với xe lưu thông theo hướng Phạm Hùng - Phạm Văn Đồng và ngược lại: lưu thông qua cầu vượt Mai Dịch. Đối với xe lưu thông theo hướng Phạm Hùng - quốc lộ 32 lưu thông theo hướng: Qua cầu vượt Mai Dịch quay đầu tại nút giao Phạm Văn Đồng - Hoàng Quốc Việt rẽ phải đi quốc lộ 32. Phạm Hùng – Nguyễn Hoàng - Lê Đức Thọ - Hồ Tùng Mậu - Quốc lộ 32 và ngược lại. Đối với xe lưu thông theo hướng Phạm Hùng - Xuân Thủy lưu thông theo hướng: Qua cầu vượt Mai Dịch rẽ phải Hoàng Quốc Việt - Nguyễn Phong Sắc - Xuân Thủy; Phạm Hùng - Tôn Thất Thuyết - Trần Thái Tông - Xuân Thủy và ngược lại. Các phương tiện xe buýt có lộ trình lưu thông theo hướng Phạm Hùng - Phạm Văn Đồng và ngược lại lưu thông qua cầu vượt Mai Dịch.
Đáng chú ý, Sở Giao thông Vận tải Hà Nội tổ chức cấm các phương tiện xe máy, xe thô sơ lưu thông qua cầu vượt Mai Dịch theo cả hai chiều để phục vụ thi công hạng mục vuốt nối đường dẫn lên xuống các nhánh cầu mới với đường dẫn lên xuống cầu Mai Dịch hiện trạng (rào chắn cách mép lan can bê tông 3m thuộc phạm vi làn dành riêng cho xe máy, xe thô sơ) và đảm bảo an toàn giao thông cho các phương tiện lưu thông qua cầu Mai Dịch trong thời gian rào chắn. Các phương tiện xe máy, xe thô sơ có nhu cầu lưu thông qua cầu vượt Mai Dịch đi theo hướng: Đường 2 bên cầu vượt và qua khu vực gầm cầu vượt Mai Dịch theo sự hướng dẫn của người điều hành giao thông và hệ thống sơn kẻ, biển báo, đèn tín hiệu giao thông.
Theo đó, Sở Giao thông Vận tải Hà Nội yêu cầu các đơn vị liên quan bố trí người hướng dẫn giao thông tại vị trí nút giao Mai Dịch và các nút giao lân cận và phối hợp với lực lượng Cảnh sát giao thông, chính quyền địa phương, Thanh tra Sở Giao thông Vận tải để hướng dẫn phân luồng đảm bảo an toàn giao thông, tránh ùn tắc giao thông trong khu vực.
Khi có hiện tượng ùn tắc giao thông, phải có phương án xử lý kịp thời, phối hợp với các cơ quan chức năng để đảm bảo giao thông thông suốt. Có phương án ứng trực, bố trí đầy đủ trang thiết bị, phương tiện máy móc để phối hợp khi có sự cố gây ùn tắc giao thông, mất an toàn giao thông, cung cấp đầy đủ số điện thoại liên lạc với các lực lượng chức năng... để đảm bảo an toàn giao thông trên tuyến. Phòng quản lý vận tải thông báo cho doanh nghiệp vận tải đang vận hành tuyến xe khách cố định và các doanh nghiệp vận tải khác điều chỉnh lộ trình: Chiều từ Bến xe Mỹ Đình đi Quốc lộ 32 (các tuyến từ bến xe Mỹ Đình đi Phú Thọ, Lai Châu…) lưu thông theo tuyến Bến xe Mỹ Đình - Phạm Hùng - Mễ Trì - Lê Đức Thọ - Hồ Tùng Mậu. Chiều từ các tỉnh đi quốc lộ 32 về Bến xe Mỹ Đình (các tuyến Phú Thọ, Lai Châu…) lưu thông theo tuyến Hồ Tùng Mậu - Lê Đức Thọ - Nguyễn Hoàng - Bến xe Mỹ Đình).
Thanh tra Sở Giao thông Vận tải bố trí lực lượng phối hợp với lực lượng Cảnh sát Giao thông và các đơn vị liên quan tổ chức hướng dẫn cho các phương tiện lưu thông theo phương án tổ chức giao thông, đồng thời xử lý kịp thời tình trạng dừng đỗ đón trả khách trái phép trên đường Phạm Hùng, Phạm Văn Đồng và các tuyến đường lân cận.