Nuôi trồng thủy sản ở huyện này gồm thủy sản nước ngọt và thủy sản nước mặn, với tổng diện tích quy hoạch đến năm 2020 là 214 ha.
Theo đó, nuôi thủy sản nước ngọt khoảng 40 ha ở ven suối, ao, hồ trên đảo với những loài tôm, cá nước ngọt, tập trung ở các xã Dương Tơ, Cửa Cạn, Hàm Ninh, Gành Dầu, Bãi Thơm và thị trấn Dương Đông; tận dụng các con suối trong rừng để nuôi cá trê suối (cá chình suối) kết hợp phát triển du lịch dã ngoại, khám phá. Tiếp đến, nuôi thủy sản nước mặn trên mặt nước biển 174 ha gồm: Ốc hương ở xã Gành Dầu, trai ngọc ở xã Dương Tơ; nuôi thủy đặc sản; hơn 1.300 lồng, bè trên biển nuôi các loài cá như: Cá bớp, cá mú, tôm hùm và một số đối tượng có giá trị kinh tế khác trên địa bàn các xã Gành Dầu, Thổ Châu, Hòn Thơm và thị trấn An Thới. Ngoài ra, trồng một số loài cây khu vực ven biển như rong nho, rong sụn…
Ông Mai Anh Nhịn, Phó Chủ tịch UBND tỉnh Kiên Giang cho biết, tỉnh tạo điều kiện, hỗ trợ huyện Phú Quốc tập trung nghiên cứu, ứng dụng khoa học - công nghệ mới để tạo bước đột phá trong phát triển nuôi trồng thủy sản, chú trọng chuyển giao quy trình khoa học - kỹ thuật cho người nuôi. Phát triển nuôi trồng thủy sản nhưng không làm ảnh hưởng xấu đến cảnh quan, môi trường sinh thái, không ảnh hưởng đến phát triển du lịch. Thu hút và hỗ trợ doanh nghiệp hợp tác với các cơ sở nghiên cứu khoa học - công nghệ phát triển các chuỗi giá trị nuôi trồng thủy sản hoàn chỉnh bao gồm: sản xuất con giống, thức ăn, kỹ thuật nuôi, thuốc ngư y, thu hoạch, bảo quản, chế biến, xuất khẩu…
Huyện Phú Quốc ưu tiên áp dụng các công nghệ hiện đại, kỹ thuật tiên tiến đảm bảo cho phát triển an toàn, bền vững và hiệu quả, tạo ra sản phẩm thủy sản hàng hóa chất lượng tốt, giá trị kinh tế cao, vừa đáp ứng nhu cầu tiêu dùng trên đảo và khách du lịch đến đảo, vừa cung cấp nguyên liệu cho chế biến xuất khẩu. Phấn đấu đến năm 2020, Phú Quốc đạt sản lượng nuôi trồng thủy sản trên 1.700 tấn, tăng gần gấp đôi so với năm 2016; sản lượng ngọc trai 133.400 viên.
Để phát triển nuôi trồng thủy sản ở Phú Quốc theo hướng ứng dụng công nghệ cao, trước mắt, huyện tăng cường ứng dụng các tiến bộ kỹ thuật và công nghệ vào nuôi trồng thủy sản, chuyển giao cho nông dân, nhất là về giống, kỹ thuật mới, thú y thủy sản, vừa nâng cao năng suất, giá trị chất lượng sản phẩm, vừa thay thế phương pháp nuôi trồng truyền thống. Xây dựng các mô hình trình diễn thí điểm, hoàn thiện quy trình nuôi để chuyển giao cho nông dân.
Huyện củng cố mạng lưới khuyến ngư cơ sở có nghiệp vụ, chuyên môn sâu để hỗ trợ người sản xuất ứng dụng khoa học - công nghệ vào nuôi trồng thủy sản đạt hiệu quả. Đào tạo lao động trực tiếp sản xuất tại các hộ dân, trang trại, doanh nghiệp nuôi trồng thủy sản về kỹ thuật, phòng ngừa dịch bệnh… Huyện t ăng cường kiểm tra, kiểm soát chặt chẽ chất lượng thú y thủy sản, thức ăn thủy sản, chế phẩm sinh học, con giống… Vận dụng nhiều hình thức tổ chức sản xuất đa dạng và đan xen nhiều thành phần kinh tế hỗ trợ thúc đẩy sản xuất phát triển, khuyến khích kinh tế hộ, kinh tế trang trại, kinh tế tư nhân, kinh tế hợp tác.
Cùng với đó, huyện Phú Quốc đầu tư xây dựng hệ thống thủy lợi gắn với xây dựng các hồ chứa nước, hệ thống xử lý nước, bể chứa nước tập trung, các công trình phòng chống thiên tai nhằm cấp nước sinh hoạt cho nhân dân, phát triển kinh tế - xã hội và cung ứng nguồn nước cho nuôi thủy sản nước ngọt kết hợp phòng chống cháy rừng mùa khô.
Đối với nuôi thủy sản nước mặn trên mặt nước biển, huyện Phú Quốc quy hoạch lại khu vực nuôi theo quy mô lớn, công nghệ hiện đại gắn với triển khai đồng bộ các giải pháp, kiểm soát chặt chẽ các hoạt động nuôi trồng, không gây ảnh hưởng xấu đến môi trường sinh thái, tài nguyên sinh vật biển, bảo đảm sự cân bằng tự nhiên để phát triển bền vững. Xây dựng và triển khai thực hiện chương trình phục hồi, tái tạo các hệ sinh thái đang bị xuống cấp như rừng phòng hộ ven biển, rạn san hô, thảm cỏ biển và khu bảo tồn biển Phú Quốc.
Bên cạnh đó, huyện thu hút đầu tư công nghiệp chế biến thủy sản vào các cụm công nghiệp. Mời gọi đầu tư nhà máy chế biến thủy sản đông lạnh cao cấp xuất khẩu tại cụm công nghiệp An Thới, công suất 5.000 tấn/năm; nhà máy chế biến thủy sản ăn liền tại cụm công nghiệp Hàm Ninh và An Thới, công suất 10.000 tấn/năm; đầu tư tổ hợp bảo tồn, nuôi trồng và chế biến thực phẩm cao cấp từ cỏ, rong, tảo biển…
Ông Huỳnh Quang Hưng, Phó Chủ tịch UBND huyện Phú Quốc nhấn mạnh, phát triển nuôi trồng thủy sản theo hướng ứng dụng công nghệ cao ở Phú Quốc vừa tạo ra sản phẩm sạch, chất lượng cao, mang lại giá trị kinh tế lớn cho người sản xuất, nâng lên đời sống nông dân, vừa thân thiện môi trường, làm phong phú thêm sản phẩm du lịch, góp phần quan trọng trong phát triển du lịch Phú Quốc. Những lồng bè nuôi ngọc trai, nuôi cá trên biển và nuôi cá trê suối trong rừng trên đảo sẽ là những điểm du lịch hấp dẫn, thu hút du khách thăm quan, trải nghiệm, tìm hiểu về nghề truyền thống này của địa phương khi đến đảo.