Theo rà soát của Bộ GTVT, các chủ đầu tư, Ban Quản lý dự án (BQLDA) bị phê bình gồm: BQLDA 2 (dự án cải tạo và nâng cấp QL18); QLDA Thăng Long (8 dự án gồm: Dự án ADB1 Khôi phục QL1 đoạn TP Hồ Chí Minh - Nha Trang, dự án WB1 đoạn Hà Nội - Vinh và TP Hồ Chí Minh - Cần Thơ, Dự án ADB2 khôi phục QL1 đoạn Hà Nội - Lạng Sơn, dự án khôi phục QL1 đoạn Vinh - Đông Hà, Đông Hà - Quảng Ngãi, dự án cải tạo QL1 đoạn Quảng Ngãi - Nha Trang, QL1 đoạn Km1589+300-Km1642 và Km1692-Km1720+800, dự án cải tạo nâng cấp QL6 đoạn Hoà Bình - Sơn La, dự án đường Vành đai 3 giai đoạn 1).
Dự án cầu vượt biển Tân Vũ - Lạch Huyện (Hải Phòng) là một trong những dự án chậm quyết toán.
BQLDA đường sắt 4 dự án gồm: Dự án Cải tạo, nâng cấp tuyến đường sắt Yên Viên - Lào Cai; dự án hiện đại hóa hệ thống thông tin tín hiệu đường sắt các tuyến Hà Nội - Lào Cai, Hà Nội - Đồng Đăng, Hà Nội - Thái Nguyên và khu đầu mối Hà Nội giai đoạn I; dự án hiện đại hóa thông tin tín hiệu đường sắt Vinh - Sài Gòn; dự án 9 cầu đường sắt tuyến Hà Nội - TP Hồ Chí Minh.
Ban QLDA Hàng hải (dự án nâng cấp luồng tàu vào cảng Quy Nhơn; Ban Quản lý các dự án Đường thủy (dự án Phát triển cơ sở hạ tầng đồng bằng sông Cửu Long, WB5); Sở GTVT Hà Nội (dự án cải tạo nâng cấp mở rộng QL32 - Nhổn; Sở GTVT Lào Cai (dự án cao tốc Nội Bài-Lào Cai, đoạn do Sở GTVT Lào Cai làm chủ đầu tư); Sở GTVT Ninh Bình (dự án nâng cấp, mở rộng QL1A đoạn từ cầu Đoan Vĩ đến Cửa Bắc và Cửa Nam đến Dốc Xây, Ninh Bình); Tổng công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam (2 dự án gồm: Cao tốc Cầu Giẽ - Ninh Bình; dự án phát triển hệ thống kiểm soát giao thông cho đường cao tốc tại Hà Nội, ITS); Tổng công ty Đường sắt Việt Nam (dự án đầu tư mua sắm đoàn tàu tốc hành).
Bộ GTVT yêu cầu các đơn vị nghiêm túc kiểm điểm, xác định trách nhiệm cụ thể và trình giá trị quyết toán dứt điểm trước 31/12/2022. Đối với các dự án BOT, BT, các BQLDA tiếp tục đôn đốc, hướng dẫn doanh nghiệp dự án hoàn tất các thủ tục theo các chỉ đạo của Bộ GTVT đảm bảo theo đúng quy định. Riêng đối với chi phí lãi vay trong thời gian xây dựng, trong trường hợp các bên chưa thống nhất về điều khoản lãi vay trong hợp đồng, các BQLDA phải kiểm tra.
Đối với các dự án vốn ngân sách Nhà nước, các chủ đầu tư, BQLDA phải tập trung xử lý các dự án trọng điểm, có giá trị lớn còn tồn đọng (cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi; xây dựng nhà ga T2 - Cảng hàng không quốc tế Nội Bài; đường ô tô Tân Vũ - Lạch Huyện; cầu Nhật Tân; cầu Cần Thơ...).
Trong trường hợp thiếu hồ sơ đến mức không đủ điều kiện quyết toán, yêu cầu các chủ đầu tư, BQLDA làm việc với Kho bạc Nhà nước tất toán tài khoản như hướng dẫn của Bộ Tài chính. Các chủ đầu tư, BQLDA chịu trách nhiệm toàn diện về các giá trị này; hoàn thành trước ngày 31/12/2022.
Ngoài ra, Bộ GTVT cũng yêu cầu các chủ đầu tư, BQLDA tập trung quyết toán các dự án hoàn thành, đảm bảo đủ nhân sự để xử lý các tồn đọng, bất cập theo thời hạn yêu cầu; xử lý các kiến nghị Thanh tra, Kiểm toán Nhà nước, khẩn trương báo cáo trong trường hợp có vấn đề vượt thẩm quyền để xử lý dứt điểm.