Nhiều vấn đề liên quan đến thẩm quyền, trình tự, thủ tục xây dựng dự án cũng có dấu hiệu bất thường, không tuân thủ các quy định của pháp luật.
Trước đó, tháng 8/2013, lãnh đạo UBND huyện Krông Nô ký quyết định chủ trương xây dựng mới Bến xe khách huyện Krông Nô theo hình thức xã hội hóa. Vị trí được chọn xây dựng là cánh đồng La Trao, Trung tâm thị trấn Đắk Mâm, huyện Krông Nô. Bến xe có diện tích khoảng 2.500 m2, tiêu chuẩn bến xe khách loại IV theo quy định của Bộ Giao thông Vận tải.
Việc xây dựng bến xe này được đánh giá là cần thiết trong bối cảnh bến xe cũ đã xuống cấp và nằm ở vị trí không phù hợp. UBND huyện Krông Nô cũng giao các ngành chức năng tiến hành các thủ tục theo quy định và trình phương án cho UBND huyện vào tháng 10/2014.
Ngày 7/1/2015, Văn phòng UBND huyện Krông Nô có thông báo truyền đạt ý kiến của lãnh đạo UBND huyện Krông Nô. Theo đó, UBND huyện giao cho Phòng Kinh tế - Hạ tầng trực tiếp làm chủ đầu dự án xây mới Bến xe và hoàn thành các thủ tục để đầu tư trong quý I/2015.
Đến ngày 27/1/2015, UBND huyện Krông Nô thông báo kêu gọi đầu tư bến xe khách theo hình thức xã hội hóa và ngày 5/2 (tức một tuần sau), lãnh đạo Phòng Kinh tế - Hạ tầng huyện ký báo báo kết quả kêu gọi. Cụ thể, chỉ có một doanh nghiệp có tờ trình đăng ký thực hiện dự án là Công ty TNHH Nam Trường. Do đó, Phòng Kinh tế - Hạ tầng đề xuất giao dự án cho Công ty Nam Trường đầu tư theo hình thức “Nhà nước và doanh nghiệp cùng làm”.
Sau khi được UBND huyện Krông Nô ra quyết định đồng ý chủ trương đầu tư xây dựng bến xe khách huyện theo đề xuất của Phòng Kinh tế - Hạ tầng, Công ty TNHH Nam Trường còn được hưởng nhiều ưu đãi khá bất thường. Chẳng hạn như ngày 24/4/2015, UBND huyện Krông Nô đồng ý cho triển khai thi công công trình bến xe khách trong thời gian chờ phê duyệt hồ sơ báo cáo kinh tế kỹ thuật, thiết kế bản vẽ thi công và dự toán công trình (các quyết định này được phê duyệt vào tháng 7/2015).
Về phần góp vốn của Nhà nước cũng được điều chỉnh theo hướng tăng dần, từ tỷ lệ hơn 35% (quyết định ngày 3/7/2015) lên 45% (quyết định ngày 27/8/2015); tổng diện tích đất của dự án khi triển khai xây dựng là hơn 7.000 m2, trong khi chủ trương ban đầu và góp ý của các ngành chức năng chỉ khoảng 2.500 m2.
Đặc biệt, hợp đồng hợp tác đầu tư do lãnh đạo UBND huyện Krông Nô ký với Công ty TNHH Nam Trường nêu rõ, bên A (tức UBND huyện Krông Nô) không can thiệp vào bất kỳ hoạt động nào của bên B (tức Công ty TNHH Nam Trường). Trong khi trước đó tại tờ trình góp vốn đầu tư xây dựng dự án Bến xe khách huyện vào ngày 2/1/2015, Công ty TNHH Nam Trường đề xuất phân chia lợi nhuận với Nhà nước theo tỷ lệ góp vốn sau khi trừ đi các khoản thuế, phí, chi phí theo quy định; hợp đồng cũng giao toàn bộ bến xe cho Công ty TNHH Nam Trường toàn quyền khai thác trong thời gian 30 năm mà không có bất cứ điều khoản nào về quy định hoàn vốn hay phân chia lợi nhuận đối với phần góp vốn 45% của Nhà nước…
Đề cập vấn đề này, ông Trần Thái Châu, Trưởng phòng Kinh tế - Hạ tầng huyện Krông Nô xác nhận phần góp vốn của Nhà nước cho dự án Bến xe khách huyện là gần 2,5 tỷ đồng. Hiện nay, doanh nghiệp đang toàn quyền quản lý, vận hành Bến xe và UBND huyện không can thiệp bất cứ vấn đề gì theo hợp đồng ký kết. Đối với một số nghi vấn sai phạm nêu trên, ông từ chối trả lời với lý do phải xin ý kiến lãnh đạo huyện và sẽ thông tin lại.
Còn ông Phạm Hưng Bá, Giám đốc Công ty TNHH Nam Trường cho rằng Bến xe mới của huyện có diện tích lớn, nhưng hoạt động không hiệu quả do đầu xe quá ít, chủ yếu phục vụ nhu cầu đi lại của người dân địa phương và hàng năm đơn vị vẫn phải bù lỗ. Hiện nay, Công ty đang tiến hành các thủ tục để UBND huyện Krông Nô thoái phần vốn đã đóng góp nhằm mục đích được nâng thời gian khai thác dự án lên 50 năm, thay vì 30 năm cũng như được toàn quyền bảo trì, sửa chữa hoặc thế chấp vay vốn ngân hàng…