Theo tờ Al Jazeera, Iran luôn phủ nhận thông tin ông Fakhrizadeh liên quan đến các hoạt động phát triển vũ khí hạt nhân cũng như nước này chưa bao giờ tìm cách biến năng lượng hạt nhân thành một thứ vũ khí hủy diệt.
Tuy nhiên, tổ chức giám sát nguyên tử của Liên hợp quốc (LHQ) và tình báo Mỹ tin rằng nhà khoa học Fakhrizadeh là người dẫn đầu chương trình phát triển vũ khí hạt nhân Iran đã buộc phải dừng lại vào năm 2003.
Ông Fakhrizadeh luôn được bảo vệ một cách nghiêm ngặt và chưa bao giờ xuất hiện trước các nhà điều tra hạt nhân của LHQ. Nhà khoa học này cũng hiếm khi xuất hiện trước công chúng. Trong một bản báo cáo tháng 5/2011, tổ chức đối lập Hội đồng kháng chiến quốc gia Iran (NCRI) cung cấp một bức ảnh được cho là ông Fakhrizadeh, với mái tóc đen và để râu. NCRI viết ông Fakhrizadeh sinh năm 1958 tại thị trấn Qom.
Ông Fakhrizadeh là nhà khoa học Iran duy nhất có tên trong “bản đánh giá cuối cùng” năm 2015 của Cơ quan Năng lượng Nguyên tử Quốc tế (IAEA). Theo IAEA, Fakhrizadeh chịu trách nhiệm giám sát các hoạt động “hỗ trợ phương diện quân sự cho chương trình hạt nhân”, có tên gọi là “kế hoạch AMAD”.
Trong bản báo năm 2011, IAEA miêu tả Fakhrizadeh là “Giám đốc Điều hành” của kế hoạch AMAD, một nhân vật chủ chốt trong chương trình phát triển công nghệ cần thiết cho bom nguyên tử.
Cũng trong một bài phát biểu vào tháng 4/2018 trên sóng truyền hình, Thủ tướng Israel Benjamin Netanyahu nêu tên Fakhrizadeh là nhân vật hàng đầu đứng sau chương trình vũ khí hạt nhân bí mật của Iran.
Thủ tướng Netanyahu cho biết sau khi kế hoạch AMAD bị ngăn chặn, nhà khoa học Fakhrizadeh tiếp tục làm việc trong một cơ quan thuộc Bộ Quốc phòng Iran, phụ trách các “dự án đặc biệt”. Trong năm 2018, đài truyền hình Kan của Israel đã thực hiện một cuộc phỏng vấn với cựu Thủ tướng Israel Ehud Olmert. Tại buổi phỏng vấn đó, ông Ehud ám chỉ nhà khoa học Fakhrizadeh có thể trở thành mục tiêu.
Về phần mình, Bộ Quốc phòng Iran ngày 27/11 xác nhận ông Fakhrizadeh là người đứng đầu Tổ chức Cải cách và Nghiên cứu thuộc bộ này. Ông cũng được cho là một tướng lĩnh cấp cao trong lực lượng Vệ binh Cách mạng Iran. Tuy nhiên, phía Iran bác bỏ thông tin cho rằng ông Fakhrizadeh là một tướng lĩnh có liên quan đến chương trình hạt nhân.
Một nguồn tin cấp cao Iran từng tiết lộ với hãng tin Reuters rằng nhà khoa học Fakhrizadeh là một “chuyên gia” cống hiến cho sự phát triển kỹ thuật công nghệ của Iran cũng như nhận được sự ủng hộ hoàn toàn từ Lãnh tụ Tối cao Iran Ayatollah Ali Khamenei.
Trong một tuyên bố ra ngày 28/11, Lãnh tụ Tối cao Ali Khamenei cho biết nước này sẽ đáp trả việc nhà khoa học Mohsen Fakhrizadeh bị ám sát, đồng thời khẳng định công trình nghiên cứu của ông Fakhrizadeh sẽ tiếp tục được thực hiện. Lãnh tụ Tối cao Ali Khamenei kêu gọi "trừng phạt" những kẻ đứng sau vụ sát hại này.
Cùng ngày, Tổng thống Iran Hassan Rouhani đã cáo buộc Israel tìm cách gây "hỗn loạn" bằng cách thực hiện vụ sát hại ông Fakhrizadeh. Nhà lãnh đạo Iran đồng thời cam kết sẽ đáp trả vụ việc "vào thời điểm thích hợp".
Theo các hãng tin Tasnim và Fars, vụ ám sát nhà khoa học Fakhrizadeh xảy ra ở thành phố Absard thuộc khu vực Damavand ở miền Đông Iran, khi một nhóm tay súng đánh bom một ô tô, trước khi nổ súng vào xe chở ông. Hiện chưa rõ danh tính của các tay súng.
Iran đã nhiều lần cáo buộc phương Tây và Israel, mà cụ thể là Cục Tình báo trung ương Mỹ (CIA) và Cơ quan tình báo Israel (MOSSAD), đứng sau hàng loạt vụ ám sát các nhà khoa học hạt nhân của nước này.