Theo Công ty Trách nhiệm hữu hạn Một thành viên Thoát nước Hà Nội, trước khi triển khai công tác thử nghiệm công nghệ Nano - Bioreactor trên sông Tô Lịch, ngày 16/5/2019, Công ty Trách nhiệm hữu hạn Một thành viên Thoát nước Hà Nội và đại diện các sở, ngành thành phố đã thông tin cho JVE về việc tuyến sông Tô Lịch là sông thoát nước của thành phố, có vai trò chính trong việc tiếp nhận nước mưa và điều tiều tiết mực nước cho Hồ Tây (khi vượt cos quy định thì phải hạ mực nước). Trong khi thời điểm thử nghiệm nằm trong mùa mưa (từ tháng 4 đến tháng 10 hàng năm).
Thực hiện văn bản số 3193/SXD-HT ngày 17/4/2019 của Sở Xây dựng Hà Nội về việc thống nhất mực nước khống chế các sông, hồ điều hòa trên địa bàn thành phố năm 2019 phục vụ thoát nước đô thị, mực nước khống chế vào mùa mưa của Hồ Tây được quy định từ 5.60 - 5.70m. Tại thời điểm ngày 9/7/2019, mực nước hồ Tây đo được là 5.96m, vượt 0,26-0,36m so với mực nước quy định.
Để đảm bảo thoát nước, chống úng ngập cho khu vực xung quanh hồ Tây, việc đưa mực nước hồ về mực nước khống chế là cần thiết, trước khi tiến hành hạ mực nước hồ Tây, Công ty đã thông báo cho JVE (là đơn vị thử nghiệm công nghệ Nano - Bioreactor) và JVE đã khẳng định trên báo chí là không ảnh hưởng đến công tác thử nghiệm. Do vậy từ ngày 9 - 11/7/2019, Công ty Trách nhiệm hữu hạn Một thành viên Thoát nước Hà Nội hạ mực nước hồ Tây về mực nước không chế.
Trên thực tế, đúng như dự báo vào chiều tối 15/7 đã diễn ra trận mưa lớn trên địa bàn Hà Nội làm mực nước sông dâng cao và chảy mạnh. Do việc hoàn thành công tác giữ mực nước của hồ Tây, đảm bảo khả năng điều hòa nên mưa ngày 15/7, lưu vực hồ Tây không xảy ra úng ngập.
Tuy nhiên, theo thông tin báo chí, ngày 15 và 16/7/2019, đại diện JVE và chuyên gia Nhật Bản cho biết việc xả nước từ hồ Tây ra sông Tô Lịch đã ảnh hưởng đến việc thử nghiệm, cụ thể là việc lấy mẫu sau 2 tháng vào ngày 16/7/2019 không thực hiện được vì tính chất dòng nước đã thay đổi.
Sau khi phản hồi làm rõ thông tin xả nước hồ Tây, Công ty Trách nhiệm hữu hạn Một thành viên Thoát nước Hà Nội cũng đề nghị JVE nghiên cứu, có giải pháp khắc phục việc sông Tô Lịch sẽ thường xuyên tiếp nhận khi mưa với dòng chảy mạnh từ nay đến tháng 10/2019 để hạn chế ảnh hưởng đến kết quả thử nghiệm.
Theo thông tin được đăng tải tại một số cơ quan báo chí, ngày 16/7, Tổ chức Xúc tiến Thương mại - Môi trường Nhật Bản có công văn gửi Thủ tướng, Bộ Tài nguyên và Môi trường, UBND thành phố Hà Nội cùng các sở, ngành, đơn vị có liên quan về việc lùi thời gian thí điểm thêm 2 tháng tới ngày 17/9 (đây là dự kiến, tùy tình hình nếu có thể rút ngắn hơn).
Theo đó, tổ chức này đã thực hiện dự án tài trợ thí điểm làm sạch một đoạn sông Tô Lịch và một góc hồ Tây bằng công nghệ Nano - Bioreactor Nhật Bản. Việc triển khai dự án, kết quả bước đầu rất khả quan dưới cả góc độ kỹ thuật và thực tế cảm nhận của người dân sống xung quanh khu thí điểm. Tuy nhiên, vào ngày 9/7, Công ty Trách nhiệm hữu hạn Một thành viên Thoát nước Hà Nội đã mở cửa xả nước Hồ Tây vào sông Tô Lịch do mực nước của hồ Tây đang cao hơn quy định khoảng 25 cm. Trong 3 ngày từ 9 - 12/7, hơn 1,5 triệu m3 nước hồ Tây đã được xả vào trực tiếp đầu nguồn sông Tô Lịch, nơi có khu thí điểm làm sạch nước sông Tô Lịch của dự án tổ chức này.
Toàn bộ hệ vi sinh vật có lợi do các tấm Nano - Bioreactor kích hoạt trong vòng gần 2 tháng qua đã bị cuốn trôi và không còn ở khu 300 m để đánh giá. Do vậy, gần như các chuyên gia sẽ phải làm lại từ đầu và cần thời gian tối thiểu trên 1 tháng để kích hoạt trở lại hệ vi sinh vật có lợi thì lấy mẫu đánh giá ở khu vực thí điểm mới chính xác.