Theo đó, trong 2 ngày 30-31/10, Tòa án Quân sự Trung ương mở phiên tòa phúc thẩm theo kháng cáo của các bị cáo Đinh Ngọc Hệ, Trần Văn Lâm (nguyên Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần Phát triển Đầu tư Thái Sơn), Phùng Danh Thắm (nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị kiêm Tổng Giám đốc Tổng Công ty Thái Sơn) liên quan đến các vụ án "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”, "Sử dụng tài liệu giả của cơ quan, tổ chức” và "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng".
Hội đồng xét xử trong phiên tòa phúc thẩm lần này gồm có 3 Thẩm phán, do Thẩm phán Nguyễn Dũng Chí làm chủ tọa và phiên tòa xét xử được diễn ra tại trụ sở của Tòa án Quân sự Quân khu Thủ đô Hà Nội.
Tại phiên tòa sáng 30/10, bị cáo Đinh Ngọc Hệ đề nghị Hội đồng xét xử xem xét lại toàn bộ nội dung bản án sơ thẩm vì cho rằng "bản án sơ thẩm là oan sai cho bị cáo". Bị cáo Phùng Danh Thắm (nguyên Tổng Giám đốc Tổng Công ty Thái Sơn) kháng cáo toàn bộ bản án sơ thẩm, nhưng tại phiên phúc thẩm sáng 30/10, bị cáo Thắm chỉ xin giảm nhẹ hình phạt. Bị cáo Trần Văn Lâm xin giảm nhẹ hình phạt và cho hưởng án treo. Bị cáo Lâm cho rằng bị cáo chỉ là "giám đốc bù nhìn" chứ thực ra không có quyền hành gì, tất cả mọi việc trong Công ty đều do bị cáo Hệ điều hành.
Trước đó, Tòa án Quân sự Quân khu 7 đã mở phiên tòa xét xử sơ thẩm và tuyên phạt bị cáo Đinh Ngọc Hệ, nguyên Phó Tổng Giám đốc Tổng Công ty Thái Sơn 10 năm tù về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”; 2 năm tù về tội “Sử dụng tài liệu giả của cơ quan, tổ chức”. Tổng hợp hình phạt tù, bị cáo Đinh Ngọc Hệ phải chịu mức án 12 năm tù.
Các đồng phạm của Đinh Ngọc Hệ cùng phạm tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ” bị tuyên các mức án cụ thể như sau: Bị cáo Trần Văn Lâm, nguyên Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần Phát triển Đầu tư Thái Sơn 5 năm tù giam; bị cáo Bùi Văn Tiệp, nguyên Sư đoàn trưởng Sư đoàn 367, Quân chủng Phòng không - Không quân 24 tháng tù nhưng cho hưởng án treo; bị cáo Trần Xuân Sơn, nguyên Giám đốc Chi nhánh Bình Dương, Công ty Cổ phần Phát triển Đầu tư Thái Sơn 18 tháng tù nhưng cho hưởng án treo. Riêng bị cáo Phùng Danh Thắm, nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị kiêm Tổng Giám đốc Tổng Công ty Thái Sơn bị tuyên phạt 24 tháng cải tạo không giam giữ về tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”.
Ngoài ra, các bị cáo còn có trách nhiệm nộp lại 1,4 tỷ đồng tiền phạt từ việc kinh doanh xăng kém chất lượng. Theo cáo trạng, Đinh Ngọc Hệ đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn của mình trên danh nghĩa là người đại diện phần vốn góp của Tổng Công ty Thái Sơn tại Công ty Cổ phần Phát triển Đầu tư Thái Sơn. Lợi dụng chức vụ Chủ tịch Hội đồng quản trị, Tổng Giám đốc, người đại diện theo pháp luật của Công ty Cổ phần Phát triển Đầu tư Thái Sơn, Đinh Ngọc Hệ đã báo cáo không trung thực về việc Công ty thực hiện nhiệm vụ kinh tế quốc phòng để được cấp có thẩm quyền cấp biển số xe quân sự, biển xanh 80A; sau đó sử dụng trái pháp luật, cho thuê, thế chấp gây thiệt hại, thất thu tiền thuế trước bạ; gây ảnh hưởng đến uy tín của quân đội và cơ quan nhà nước. Bị cáo Hệ chỉ đạo Trần Văn Lâm làm văn bản gửi Chủ tịch UBND tỉnh Bình Dương mạo nhận hoạt động kinh doanh xăng dầu của cửa hàng xăng dầu Thái Sơn phục vụ nhiệm vụ kinh tế quốc phòng; câu kết với Bùi Văn Tiệp ký hợp đồng giả mạo việc gửi xăng của quân đội, gây thiệt hại tiền phạt cho ngân sách nhà nước.
Đinh Ngọc Hệ là người chủ mưu, chỉ huy việc sử dụng xe ô tô biển quân sự, biển xanh 80A trái pháp luật và hợp thức trái pháp luật việc gửi xăng để tránh việc xử phạt trong kinh doanh xăng dầu. Biết rõ việc mua bằng đại học giả là vi phạm pháp luật, nhưng Đinh Ngọc Hệ vẫn mua bằng, bảng điểm giả để sử dụng vào mục đích đề nghị nâng lương, bổ nhiệm, phong quân hàm trái quy định. Bị cáo Trần Văn Lâm là người tiếp nhận ý chí, mục đích và nhiệm vụ mà Đinh Ngọc Hệ giao nên đã thực hiện việc chắp nối với Bùi Văn Tiệp, Trần Xuân Sơn, và những người có liên quan để thực hiện hành vi trái pháp luật. Bị cáo Phùng Danh Thắm do không thực hiện đầy đủ trách nhiệm của người đứng đầu Tổng Công ty Thái Sơn; buông lỏng quản lý doanh nghiệp và quản lý người đại diện vốn góp tại doanh nghiệp do Tổng Công ty quyết định thành lập, dẫn đến việc Đinh Ngọc Hệ lợi dụng chức vụ, quyền hạn được giao để vi phạm pháp luật.