Trong đó, Tổng Giám đốc công ty Việt Á Phan Quốc Việt được giảm án 3 năm tù so với mức án sơ thẩm.
Đánh giá các tình tiết giảm nhẹ mới xuất hiện trong giai đoạn phúc thẩm, Hội đồng xét xử quyết định chấp nhận kháng cáo của cả 7 bị cáo, giảm cho mỗi người 2 - 3 năm tù hoặc chuyển sang án treo.
Bị cáo Phan Quốc Việt, Tổng Giám đốc Công ty cổ phần Công nghệ Việt Á (Công ty Việt Á) là người được giảm án nhiều nhất, cho cả hai tội danh "Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ" và "Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng". Qua đó, án sau kháng cáo, Phan Quốc Việt được giảm 25 năm xuống còn 22 năm tù.
Bị cáo Hồ Anh Sơn, cựu Phó Giám đốc Viện Nghiên cứu y dược học quân sự thuộc Học viện Quân y, còn 10 năm tù; bị cáo Trịnh Thanh Hùng, cựu Phó Vụ trưởng Vụ Các ngành kinh tế - kỹ thuật, Bộ Khoa học và Công nghệ còn 13 năm tù. Cả hai bị truy tố về tội "Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ".
Bị cáo Nguyễn Văn Hiệu, cựu Trưởng phòng Trang bị vật tư, được giảm còn 5 năm tù và Lê Trường Minh, cựu Trưởng ban Hóa dược, còn 4 năm tù. Riêng Ngô Anh Tuấn, cựu Trưởng phòng Tài chính thuộc Học viện Quân y, được Hội đồng xét xử giảm 2 năm tù, chuyển sang án treo, tức từ 4 năm tù còn 2 năm tù treo. Phó Tổng Giám đốc Công ty Việt Á Vũ Đình Hiệp được đề nghị giảm còn 4 năm tù, tổng hợp mức án 15 năm tù trong vụ án liên quan Bộ Y tế, tổng mức án 19 năm tù. Cả 4 người trên bị truy tố về tội "Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng".
Về lý do chấp nhận kháng cáo, Hội đồng xét xử đánh giá, 7 bị cáo đều có thái độ thành khẩn, tiếp tục khắc phục hậu quả sau phiên sơ thẩm. Các bị cáo thuộc Học viện Quân y có nhiều thành tích, cống hiến trong quá trình làm việc, góp phần đẩy lùi dịch bệnh trong giai đoạn khó khăn. Bị cáo Hồ Anh Sơn có nhiều công trình khoa học, đào tạo nhiều tiến sĩ cho ngành Y tế...
Về phần dân sự, Hội đồng xét xử không chấp nhận yêu cầu của Công ty Việt Á đề nghị Học viện Quân y trả lại 10 tỷ đồng. Hội đồng xét xử vẫn buộc các cá nhân và đơn vị liên quan phải bồi thường 12 tỷ đồng còn thiếu cho Học viện Quân y, cụ thể, bị cáo Hồ Anh Sơn phải bồi thường 1,6 tỷ đồng, Công ty Việt Á 10,7 tỷ đồng.
Về diễn biến vụ án, đầu năm 2020, khi dịch COVID-19 bùng phát, Học viện Quân y đề xuất được phát triển kit test xét nghiệm trong đề tài nghiên cứu có tổng kinh phí 18,98 tỷ đồng. Đề tài sau đó được Viện Nghiên cứu y dược học quân sự (thuộc Học viện Quân y) triển khai. Bị cáo Sơn là chủ nhiệm, Công ty Việt Á cùng tham gia với tư cách là đơn vị phối hợp nghiên cứu, chế tạo, theo yêu cầu từ bị cáo Hùng.
Quá trình nghiên cứu, các bị cáo Hùng, Sơn và Việt cho rằng, kit xét nghiệm của Công ty Việt Á tốt hơn nên thống nhất không cần Học viện Quân y chuyển giao quy trình nghiên cứu mà để Công ty Việt Á tự sản xuất 20.000 sản phẩm. Ba bị cáo sau đó đưa bộ kit do Công ty Việt Á cung cấp (không được sản xuất theo quy trình nghiên cứu của Học viện Quân y) để thử nghiệm tại Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương và sử dụng sản phẩm này để nghiệm thu đề tài.
Quy trình nghiên cứu của Học viện Quân y không có sản phẩm được thử nghiệm, đánh giá và đề tài của Học viện không hoàn thành. Việt tiếp tục sử dụng kết quả nghiệm thu này để gian dối trong làm thủ tục, sau đó được Bộ Y tế ra quyết định cấp phép lưu hành. Tòa xác định, hành vi gian dối của 3 bị cáo Hùng, Sơn, Việt đã gây thiệt hại 18,5 tỷ đồng cho Nhà nước.