Hành vi phạm tội của các bị cáo được quy định tại khoản 3 điều 165 Bộ Luật Hình sự (sửa đổi bổ sung năm 2009). Tòa án nhân dân tỉnh Phú Yên tuyên phạt Phạm Thanh Bình 3 năm tù giam; Võ Tân 3 năm tù cho hưởng án treo; Dương Sơn Hoan, lĩnh án 2 năm tù cho hưởng án treo.
Về trách nhiệm dân sự, các bị cáo và những người có nghĩa vụ liên quan phải liên đới bồi thường số tiền thiệt hại hơn 5,1 tỷ đồng. Đến nay, các bị cáo đã nộp khắc phục được 1,1 tỷ đồng, trong đó: Võ Tân nộp 600 triệu đồng, Dương Sơn Hoan 400 triệu đồng và Phạm Thanh Bình nộp 100 triệu đồng.
Trong các năm 2007 và 2008, Phạm Thanh Bình, Võ Tân và Dương Sơn Hoan đã có hành vi lợi dụng chức vụ, quyền hạn cố ý làm trái quy định của Nhà nước trong quản lý kinh tế, tổ chức thi công đóng con tàu 4.000DWT khi chưa được thẩm định, phê duyệt dự án theo quy định tại Nghị định 52/1999/NĐ-CP của Chính phủ về đầu tư và xây dựng.
Hậu quả đã gây thiệt hại cho Công ty Cổ phần công nghiệp nông thủy sản Phú Yên số tiền trên 5,1 tỷ đồng.
Trước đó, ngày 30/8/2012, bị cáo Phạm Thanh Bình - cựu Chủ tịch Hội đồng Quản trị Tập đoàn Vinashin đã bị Tòa án nhân dân tối cao tuyên phạt 20 năm tù về tội cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiệm trọng tại Tập đoàn Vinashin.